More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3189 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
377 aa  775    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  78.53 
 
 
366 aa  587  1e-167  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  65.92 
 
 
360 aa  513  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  65.64 
 
 
361 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  63.13 
 
 
361 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  59.77 
 
 
359 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  51.83 
 
 
362 aa  395  1e-109  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  40.82 
 
 
419 aa  306  3e-82  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  40.4 
 
 
359 aa  301  1e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.81 
 
 
359 aa  298  1e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.17 
 
 
409 aa  296  4e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.17 
 
 
409 aa  292  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.7 
 
 
359 aa  289  7e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.83 
 
 
358 aa  285  8e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  41.13 
 
 
359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  40.56 
 
 
359 aa  280  3e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  40.56 
 
 
359 aa  280  3e-74  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.6 
 
 
409 aa  276  3e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.46 
 
 
359 aa  276  4e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  40.68 
 
 
360 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  40.45 
 
 
358 aa  273  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  40.73 
 
 
574 aa  272  6e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  39.83 
 
 
359 aa  272  7e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.11 
 
 
358 aa  268  1e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.18 
 
 
402 aa  267  2e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.98 
 
 
358 aa  267  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.54 
 
 
537 aa  264  2e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  38.07 
 
 
414 aa  260  2e-68  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  36.19 
 
 
406 aa  261  2e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  37.29 
 
 
358 aa  257  3e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  35.59 
 
 
358 aa  255  9e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.52 
 
 
359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.2 
 
 
569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  38.2 
 
 
576 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  38.2 
 
 
576 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  38.2 
 
 
567 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.2 
 
 
569 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  37.92 
 
 
569 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.44 
 
 
359 aa  252  6e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  39.11 
 
 
569 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  39.11 
 
 
569 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  39.11 
 
 
569 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  39.11 
 
 
569 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  39.11 
 
 
569 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.01 
 
 
359 aa  251  1e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  38.48 
 
 
567 aa  251  2e-65  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  37.92 
 
 
561 aa  249  4e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.57 
 
 
359 aa  250  4e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.19 
 
 
557 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.19 
 
 
557 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  36.97 
 
 
362 aa  248  9e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.92 
 
 
571 aa  245  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.96 
 
 
575 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  36.59 
 
 
576 aa  239  5e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  35.89 
 
 
571 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  35.25 
 
 
571 aa  238  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  35.25 
 
 
571 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  36.41 
 
 
362 aa  238  2e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  34.66 
 
 
571 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_797  NADH:quinone oxidoreductase 49 kD subunit 7  35.28 
 
 
367 aa  232  7.000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0926  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, D subunit  35.28 
 
 
367 aa  231  2e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.27 
 
 
575 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  36.13 
 
 
362 aa  225  8e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.29 
 
 
378 aa  224  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  34.54 
 
 
582 aa  224  2e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0810  NADH dehydrogenase I, D subunit  34.17 
 
 
367 aa  223  3e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.55 
 
 
579 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  33.98 
 
 
578 aa  216  4e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  33.89 
 
 
578 aa  216  5e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1052  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.01 
 
 
390 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.718525  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  32.8 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.8 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.8 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  32.8 
 
 
555 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  33.8 
 
 
374 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.69 
 
 
374 aa  211  2e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 
375 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.05 
 
 
376 aa  210  3e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1211  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 
375 aa  210  4e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  32.77 
 
 
378 aa  209  5e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  32.54 
 
 
555 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4241  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.77 
 
 
390 aa  207  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0411944  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0483  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.91 
 
 
426 aa  206  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.139003 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3748  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
370 aa  206  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000362019  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1541  NADH dehydrogenase I, D subunit  32.81 
 
 
400 aa  204  1e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2105  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.77 
 
 
361 aa  205  1e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1631  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.24 
 
 
358 aa  205  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3620  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.59 
 
 
404 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.761398  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0366  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.58 
 
 
417 aa  204  3e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0748  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.71 
 
 
586 aa  203  4e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0615291  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3135  NADH dehydrogenase I, D subunit  30.99 
 
 
390 aa  202  9e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0132145  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1897  NADH dehydrogenase subunit D  32.32 
 
 
405 aa  202  9.999999999999999e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.412503  normal  0.283556 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1628  NADH dehydrogenase I, D subunit  34.26 
 
 
369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.963572  normal  0.66391 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.96 
 
 
362 aa  199  5e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0341  NADH dehydrogenase I, D subunit  29.95 
 
 
390 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0211499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>