More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0069 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  100 
 
 
359 aa  735    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  59.77 
 
 
377 aa  444  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  55.15 
 
 
361 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.51 
 
 
366 aa  421  1e-117  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  54.24 
 
 
361 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  52.41 
 
 
360 aa  395  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  47.04 
 
 
362 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  37.67 
 
 
419 aa  264  2e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  37.15 
 
 
359 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.6 
 
 
409 aa  251  1e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.59 
 
 
359 aa  251  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.24 
 
 
409 aa  251  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.64 
 
 
574 aa  249  5e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.97 
 
 
359 aa  249  7e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  39.04 
 
 
402 aa  246  4.9999999999999997e-64  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  36.31 
 
 
406 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.92 
 
 
409 aa  242  9e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.29 
 
 
359 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.03 
 
 
360 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.65 
 
 
557 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.65 
 
 
557 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.73 
 
 
537 aa  235  8e-61  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  35.57 
 
 
359 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  37.03 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.69 
 
 
359 aa  233  3e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.73 
 
 
358 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.55 
 
 
359 aa  232  7.000000000000001e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  35.56 
 
 
561 aa  232  9e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.57 
 
 
358 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  35.83 
 
 
567 aa  229  4e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  32.87 
 
 
358 aa  229  5e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 
358 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.67 
 
 
359 aa  227  2e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.11 
 
 
358 aa  225  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  37.36 
 
 
359 aa  224  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  36.39 
 
 
359 aa  225  1e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  35.83 
 
 
359 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.15 
 
 
575 aa  222  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.59 
 
 
575 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0926  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, D subunit  36.19 
 
 
367 aa  220  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.69 
 
 
358 aa  220  3e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_797  NADH:quinone oxidoreductase 49 kD subunit 7  36.39 
 
 
367 aa  219  6e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  33.15 
 
 
567 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  32.87 
 
 
569 aa  216  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0810  NADH dehydrogenase I, D subunit  35.56 
 
 
367 aa  215  7e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
576 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
576 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
569 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  32.87 
 
 
571 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  32.21 
 
 
571 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  32.21 
 
 
571 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  32.59 
 
 
569 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1897  NADH dehydrogenase subunit D  35.77 
 
 
405 aa  213  2.9999999999999995e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.412503  normal  0.283556 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  32.21 
 
 
571 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  31.93 
 
 
571 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0371  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.98 
 
 
378 aa  210  3e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  34.26 
 
 
362 aa  210  3e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  34.53 
 
 
362 aa  209  7e-53  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  33.33 
 
 
374 aa  209  9e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  31.3 
 
 
576 aa  208  9e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1300  NADH dehydrogenase (quinone)  35.89 
 
 
410 aa  207  2e-52  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.823444  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.3 
 
 
359 aa  206  4e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  32.21 
 
 
582 aa  203  4e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3620  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.95 
 
 
404 aa  203  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.761398  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1081  NADH dehydrogenase subunit D  34.78 
 
 
404 aa  203  5e-51  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.152309  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.65 
 
 
579 aa  201  9.999999999999999e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1628  NADH dehydrogenase I, D subunit  35.26 
 
 
369 aa  199  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.963572  normal  0.66391 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1184  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.08 
 
 
362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.721029  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2155  NADH dehydrogenase I, D subunit  30.73 
 
 
441 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  31.09 
 
 
555 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  31.09 
 
 
555 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.09 
 
 
555 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.09 
 
 
555 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4983  NADH dehydrogenase (quinone)  33.52 
 
 
370 aa  196  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173613  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0773  NADH dehydrogenase (quinone)  32.69 
 
 
378 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.597938  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  31.09 
 
 
555 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  29.97 
 
 
374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1052  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.8 
 
 
390 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.718525  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  32.22 
 
 
362 aa  195  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2992  NADH dehydrogenase (quinone)  33.15 
 
 
374 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0428  NADH dehydrogenase subunit D  32.11 
 
 
424 aa  194  2e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.366275  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2043  NADH dehydrogenase subunit D  34.08 
 
 
366 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.004112  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1541  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.51 
 
 
400 aa  192  8e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4241  NADH dehydrogenase I, D subunit  29.95 
 
 
390 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0411944  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1662  NADH dehydrogenase I, D subunit  31.33 
 
 
383 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2091  NADH dehydrogenase (quinone)  32.88 
 
 
374 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0707  NADH dehydrogenase (quinone)  31.86 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0748  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  30.77 
 
 
586 aa  190  4e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0615291  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0333  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  32.29 
 
 
793 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0116  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.86 
 
 
376 aa  189  5e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>