More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3052 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02379  hydrogenase 4, subunit  71.83 
 
 
555 aa  868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02571  hydrogenase 3, large subunit  97.19 
 
 
569 aa  1156    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.671666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0968  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  97.19 
 
 
569 aa  1156    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1182  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  71.83 
 
 
555 aa  868    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2859  hydrogenase-4, G subunit  73.42 
 
 
571 aa  895    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02341  hypothetical protein  71.83 
 
 
555 aa  868    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3001  formate hydrogenlyase subunit E  100 
 
 
569 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.33609  normal  0.016492 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3194  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  94.2 
 
 
569 aa  1131    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2430  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  82.57 
 
 
567 aa  1002    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85735  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0991  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  97.19 
 
 
569 aa  1156    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2621  hydrogenase-4, G subunit  71.65 
 
 
555 aa  865    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1189  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  71.83 
 
 
555 aa  868    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.454918 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2634  hydrogenase-4, G subunit  73.77 
 
 
571 aa  900    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3052  formate hydrogenlyase subunit E  100 
 
 
569 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.309808 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1280  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  74.69 
 
 
575 aa  903    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.637418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3972  formate hydrogenlyase, subunit E  97.01 
 
 
576 aa  1157    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3709  hydrogenase-4, G subunit  73.77 
 
 
571 aa  901    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2186  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  64.51 
 
 
574 aa  777    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3159  formate hydrogenlyase, subunit E  100 
 
 
569 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.146854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2769  hydrogenase-4, G subunit  73.59 
 
 
571 aa  899    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2846  formate hydrogenlyase, subunit E  97.19 
 
 
576 aa  1157    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.15789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4570  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  67.49 
 
 
571 aa  822    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02536  hypothetical protein  97.19 
 
 
569 aa  1156    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.576982  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2970  formate hydrogenlyase, subunit E  100 
 
 
569 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00990  Ni,Fe-hydrogenase III large subunit  64.85 
 
 
576 aa  803    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.823272  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2857  formate hydrogenlyase, subunit E  97.19 
 
 
569 aa  1156    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2713  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  75.04 
 
 
575 aa  903    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3009  formate hydrogenlyase, subunit E  97.01 
 
 
569 aa  1155    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3036  formate hydrogenlyase subunit E  100 
 
 
569 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000143989 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3155  formate hydrogenlyase, subunit E  97.01 
 
 
569 aa  1155    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0711  DNA-3-methyladenine glycosylase I  52.44 
 
 
578 aa  592  1e-168  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0105954  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1866  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  50.53 
 
 
579 aa  589  1e-167  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1635  phage integrase family site specific recombinase  52.44 
 
 
578 aa  586  1e-166  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0144556  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0127  hydrogenase-4 component G  50.09 
 
 
582 aa  588  1e-166  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.548953  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0183  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  49.45 
 
 
567 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0316  NADH-ubiquinone oxidoreductase  39.49 
 
 
561 aa  413  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.371145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2786  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.83 
 
 
557 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2794  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  37.83 
 
 
557 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0795  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  36.83 
 
 
525 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4284  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  35.12 
 
 
551 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1130  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  41.99 
 
 
402 aa  287  2.9999999999999996e-76  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1071  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.04 
 
 
537 aa  282  1e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2464  NADH dehydrogenase (quinone)  33.4 
 
 
531 aa  280  4e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.511351  normal  0.831943 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1687  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  34.1 
 
 
530 aa  271  2e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3524  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  37.98 
 
 
409 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0959  membrane bound hydrogenase subunit mbhL  35.89 
 
 
406 aa  262  1e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.105572  normal  0.5876 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0595  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.2 
 
 
409 aa  261  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3367  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  38.06 
 
 
359 aa  258  2e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0675  NADH dehydrogenase (quinone)  37.34 
 
 
414 aa  254  3e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3189  NADH dehydrogenase (quinone)  39.11 
 
 
377 aa  252  1e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.482242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0964  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.2 
 
 
366 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.138643 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2227  NADH dehydrogenase (quinone)  35.68 
 
 
419 aa  251  3e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3020  ech hydrogenase subunit E  36.39 
 
 
359 aa  249  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1086  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.57 
 
 
359 aa  248  3e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00746179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0803  NADH dehydrogenase (quinone)  37.5 
 
 
359 aa  247  4e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1734  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.44 
 
 
359 aa  244  3e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00563551  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.6 
 
 
409 aa  242  1e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1425  ech hydrogenase subunit E  37.22 
 
 
361 aa  242  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0699  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  29.12 
 
 
524 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.758996  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1123  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  34.61 
 
 
526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.165135  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1745  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  37.16 
 
 
359 aa  239  1e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.364735  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0028  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.39 
 
 
359 aa  238  2e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1669  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  37.02 
 
 
360 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07260  ech hydrogenase subunit E  35.71 
 
 
362 aa  238  2e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0794783  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0553  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  36.9 
 
 
358 aa  238  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.58 
 
 
524 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289137 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0148  ech hydrogenase subunit E  34.63 
 
 
358 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4501  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.62 
 
 
361 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0565202 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0360  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.29 
 
 
359 aa  232  1e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2728  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  34.44 
 
 
359 aa  231  2e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.316127  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2505  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.31 
 
 
358 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1522  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  35.47 
 
 
358 aa  229  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0325  putative formate hydrogenlyase subunit  31.5 
 
 
515 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1138  hydrogenase subunit  32.68 
 
 
527 aa  228  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0311036  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1102  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  36.06 
 
 
358 aa  227  5.0000000000000005e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4118  NADH dehydrogenase (quinone)  34.54 
 
 
358 aa  226  8e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.433928  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1574  NADH dehydrogenase (quinone)  35.26 
 
 
362 aa  223  8e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.443946 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1303  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  31.64 
 
 
478 aa  223  9.999999999999999e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0867  hydrogenase, group 4, EchE subunit, putative  35.1 
 
 
359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.195553  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1885  NADH dehydrogenase (quinone)  34.55 
 
 
360 aa  220  6e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_770  hydrogenase, EchE subunit  34.54 
 
 
359 aa  217  5e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0933  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  34.15 
 
 
502 aa  217  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0069  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  32.59 
 
 
359 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0785  ech hydrogenase subunit E  34.26 
 
 
359 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0170  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  33.33 
 
 
501 aa  210  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.679833  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0175  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit  31.29 
 
 
522 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13380  ech hydrogenase subunit E  34.7 
 
 
362 aa  208  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3409  F420H2 dehydrogenase subunit D  32.33 
 
 
374 aa  207  4e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.170957  normal  0.90197 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1818  NADH dehydrogenase (ubiquinone), 30 kDa subunit  30.38 
 
 
519 aa  207  4e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.207478  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2478  NADH dehydrogenase (quinone)  32.72 
 
 
492 aa  205  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.487557 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1317  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  32.51 
 
 
526 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3188  NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 49kDa  31.62 
 
 
503 aa  204  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.377236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1073  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 30 kDa subunit  30.8 
 
 
503 aa  203  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.1537600000000002e-34 
 
 
-
 
NC_002936  DET1571  hydrogenase, group 4, HycE subunit, putative  31.96 
 
 
526 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0265592  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0153  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.45 
 
 
791 aa  200  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4465  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain 49kDa  35.09 
 
 
391 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.314486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1942  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  29.23 
 
 
787 aa  197  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3444  trifunctional NADH dehydrogenase I subunit B/C/D  30.31 
 
 
792 aa  196  7e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1197  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 
362 aa  196  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.450071  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1294  F420H2 dehydrogenase subunit D  30.96 
 
 
374 aa  196  1e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.196635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>