More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6878 on replicon NC_013732
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013732  Slin_6878  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
473 aa  962    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6823  RND family efflux transporter MFP subunit  72.16 
 
 
485 aa  647    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3071  hypothetical protein  35.98 
 
 
446 aa  280  4e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0195173  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1502  component of copper transport system  29.81 
 
 
417 aa  264  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000118001  normal  0.0300718 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3051  hypothetical protein  33.33 
 
 
406 aa  221  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.0036392  normal  0.0164815 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.35 
 
 
607 aa  188  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 
451 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 
465 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 
460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.55 
 
 
456 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  37.44 
 
 
466 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 
472 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  39.15 
 
 
468 aa  136  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  25.85 
 
 
561 aa  131  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.75 
 
 
627 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 
526 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  40.72 
 
 
404 aa  129  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 
512 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 
455 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  37.37 
 
 
500 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  37.86 
 
 
509 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 
705 aa  124  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  37.97 
 
 
472 aa  123  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 
599 aa  123  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 
502 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.26 
 
 
627 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.76 
 
 
513 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 
504 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 
513 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 
514 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  34.76 
 
 
513 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 
513 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  35.64 
 
 
502 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  37.23 
 
 
526 aa  117  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  36.17 
 
 
650 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.55 
 
 
406 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  35.23 
 
 
404 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 
568 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 
529 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  36.22 
 
 
427 aa  106  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  24.82 
 
 
491 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 
502 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  23.26 
 
 
715 aa  104  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
683 aa  103  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  30.08 
 
 
500 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  35.24 
 
 
513 aa  98.6  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  31.72 
 
 
460 aa  98.2  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 
640 aa  98.2  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  29.24 
 
 
578 aa  96.7  8e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.19 
 
 
671 aa  95.1  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 
581 aa  95.1  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 
487 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 
457 aa  91.3  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  33.88 
 
 
529 aa  89.4  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 
455 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  30.66 
 
 
577 aa  89  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  32.79 
 
 
547 aa  87.8  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  29.13 
 
 
527 aa  87.4  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  34.41 
 
 
483 aa  87.4  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 
510 aa  87  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 
552 aa  87  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  22.2 
 
 
672 aa  87  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0882  cation efflux system protein  22.49 
 
 
320 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.616249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  32.35 
 
 
629 aa  86.3  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  31.88 
 
 
545 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 
545 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 
488 aa  85.1  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 
510 aa  85.1  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  32.99 
 
 
537 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.61 
 
 
438 aa  84.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 
523 aa  84.3  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 
518 aa  83.2  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  25.94 
 
 
490 aa  83.6  0.000000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  30.65 
 
 
439 aa  83.2  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 
439 aa  83.2  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.15 
 
 
497 aa  81.6  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23 
 
 
497 aa  81.3  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 
497 aa  80.9  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  34.78 
 
 
417 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  32.26 
 
 
401 aa  80.5  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  30.77 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  30.95 
 
 
521 aa  79.7  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 
482 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 
482 aa  79.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  32.62 
 
 
505 aa  79.3  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 
486 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.48 
 
 
494 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 
516 aa  77  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 
516 aa  77  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  29.63 
 
 
467 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  30.16 
 
 
540 aa  75.9  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.19 
 
 
504 aa  75.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  32.79 
 
 
408 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0864  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.15 
 
 
345 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  28.87 
 
 
478 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 
507 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  30.27 
 
 
410 aa  73.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 
525 aa  73.6  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  34.38 
 
 
546 aa  73.2  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>