149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1953 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  100 
 
 
637 aa  1300    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  47.25 
 
 
683 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  47.7 
 
 
652 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  39.91 
 
 
645 aa  427  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  41.25 
 
 
653 aa  420  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  39.97 
 
 
664 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  38.22 
 
 
653 aa  396  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  38.94 
 
 
643 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  39.33 
 
 
652 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  40.35 
 
 
647 aa  390  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  37.18 
 
 
642 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  39.67 
 
 
657 aa  379  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  36.73 
 
 
633 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  37.9 
 
 
644 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  38.25 
 
 
640 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  37.52 
 
 
642 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  37.52 
 
 
642 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  35.9 
 
 
636 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  37.09 
 
 
640 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  35.99 
 
 
647 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  35.99 
 
 
647 aa  360  4e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  36.5 
 
 
652 aa  360  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  37.48 
 
 
649 aa  359  8e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  34.49 
 
 
632 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  35.06 
 
 
632 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  34.11 
 
 
631 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  37.52 
 
 
629 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0433  fumarate hydratase class II (fumarase C)  30.58 
 
 
646 aa  169  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000013758  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2809  Iron permease FTR1  30.87 
 
 
660 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0450  FTR1 family iron permease  31.41 
 
 
679 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000168197  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2252  iron permease FTR1  31.05 
 
 
639 aa  163  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0524  FTR1 family iron permease  25.92 
 
 
637 aa  163  1e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.210875  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2141  FTR1 family iron permease  30.77 
 
 
639 aa  161  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2132  FTR1 family iron permease  30.77 
 
 
639 aa  161  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0517239 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1783  iron permease FTR1  32.01 
 
 
634 aa  161  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.498306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1385  iron permease FTR1  31.59 
 
 
634 aa  156  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1649  FTR1 family iron permease  31.12 
 
 
696 aa  154  5.9999999999999996e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1830  FTR1 family iron permease  30.84 
 
 
696 aa  152  2e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0763  superoxide dismutase  32.51 
 
 
647 aa  152  2e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.745778  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0822  iron permease FTR1  31.52 
 
 
396 aa  148  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6106  putative cytochrome protein CopT  34.96 
 
 
254 aa  144  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.0345591 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1170  iron permease, FTR1 family  30.18 
 
 
691 aa  143  9e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.900718  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2018  FTR1 family iron permease  30.94 
 
 
696 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1510  hypothetical protein  30.3 
 
 
422 aa  140  6e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000353289  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0160  iron permease FTR1 family protein  29.13 
 
 
572 aa  140  6e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.31653 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1022  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  27.37 
 
 
556 aa  140  8.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2017  iron permease FTR1  28.86 
 
 
413 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00650927  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1255  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  29.07 
 
 
603 aa  119  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2435  iron permease FTR1  28.92 
 
 
743 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2443  iron permease FTR1  28.57 
 
 
399 aa  107  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2692  iron permease FTR1  30.38 
 
 
273 aa  99.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37589  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0393  hypothetical protein  25.3 
 
 
570 aa  99.4  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0403  hypothetical protein  25.3 
 
 
570 aa  99.4  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0468  iron permease FTR1  26.82 
 
 
820 aa  99.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.402804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5728  iron permease FTR1  24.05 
 
 
846 aa  89  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.348131  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3473  iron permease FTR1  34.39 
 
 
308 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.361735 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0820  iron permease FTR1  28.19 
 
 
782 aa  80.9  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.594209  hitchhiker  0.0000623566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1936  iron permease FTR1  29.43 
 
 
279 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0480645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4287  iron permease FTR1  32.05 
 
 
290 aa  76.6  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.486354  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1914  iron permease FTR1  34.74 
 
 
281 aa  75.5  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.347806 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1789  iron permease FTR1  33.82 
 
 
315 aa  76.3  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0188  iron permease FTR1  28.42 
 
 
283 aa  75.1  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0228999 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4468  iron permease FTR1  28.96 
 
 
779 aa  72  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.390175  normal  0.0190609 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3323  iron permease FTR1  32.31 
 
 
307 aa  69.7  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7009  iron permease FTR1  30.18 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103758  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4773  iron permease FTR1  33.33 
 
 
303 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1733  iron permease FTR1  28.57 
 
 
304 aa  67.4  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.997501  normal  0.21644 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2929  iron permease FTR1  26.54 
 
 
281 aa  66.6  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00359497  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  37.8 
 
 
254 aa  66.6  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3143  iron permease FTR1  28.7 
 
 
281 aa  65.5  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1660  iron permease FTR1  30.33 
 
 
278 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2784  iron permease FTR1  27.36 
 
 
281 aa  65.1  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0229  iron permease FTR1  28.22 
 
 
284 aa  65.1  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5686  iron permease FTR1  29.13 
 
 
287 aa  64.3  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.435606  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1763  Iron permease FTR1  33.82 
 
 
315 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3898  iron permease FTR1  30.59 
 
 
537 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2612  iron permease FTR1  25.89 
 
 
308 aa  61.6  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000110205  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1981  iron permease FTR1  29.21 
 
 
276 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  31.18 
 
 
702 aa  61.2  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  31.18 
 
 
702 aa  61.2  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1952  iron permease FTR1  33.01 
 
 
304 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.495146  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1870  iron permease FTR1  26.59 
 
 
417 aa  60.8  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389897  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2258  iron permease FTR1  28.65 
 
 
276 aa  60.8  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1811  iron permease FTR1  29.27 
 
 
283 aa  60.1  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.668278 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2330  High-affinity Fe2+/Pb2+ permease-like protein  24.66 
 
 
325 aa  60.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00178906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25520  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  27.91 
 
 
294 aa  59.3  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0297463  normal  0.133563 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5173  iron permease FTR1  28.16 
 
 
314 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000262497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0120  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  33.09 
 
 
339 aa  57.8  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4913  iron permease FTR1  29.02 
 
 
579 aa  57.4  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2040  ferrous iron permease EfeU  26.19 
 
 
285 aa  57.4  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.19312 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2366  iron permease FTR1  26.19 
 
 
282 aa  57.4  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0450502  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3403  iron permease FTR1  30.81 
 
 
702 aa  57.4  0.0000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2264  ferrous iron permease EfeU  26.19 
 
 
282 aa  57.4  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01019  putative membrane protein  26.54 
 
 
279 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.348057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1258  iron permease FTR1 family protein  26.54 
 
 
276 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.20725  normal  0.52486 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01026  hypothetical protein  26.54 
 
 
276 aa  57  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.377125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1132  iron permease FTR1 family protein  26.54 
 
 
276 aa  57  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0198612  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1136  FTR1 family iron permease  26.54 
 
 
276 aa  57  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.161686  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2579  FTR1 family protein  26.54 
 
 
276 aa  57  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0388425 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2106  iron permease FTR1 family protein  26.54 
 
 
276 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.178558  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>