147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1385 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1783  iron permease FTR1  95.27 
 
 
634 aa  1214    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.498306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1385  iron permease FTR1  100 
 
 
634 aa  1300    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2141  FTR1 family iron permease  74.65 
 
 
639 aa  986    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2132  FTR1 family iron permease  74.65 
 
 
639 aa  986    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0517239 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2252  iron permease FTR1  74.65 
 
 
639 aa  985    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2809  Iron permease FTR1  45.91 
 
 
660 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0433  fumarate hydratase class II (fumarase C)  36.96 
 
 
646 aa  425  1e-117  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000013758  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0763  superoxide dismutase  37.91 
 
 
647 aa  412  1e-114  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.745778  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0450  FTR1 family iron permease  34.58 
 
 
679 aa  401  9.999999999999999e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000168197  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0524  FTR1 family iron permease  35.54 
 
 
637 aa  396  1e-109  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.210875  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1830  FTR1 family iron permease  31.52 
 
 
696 aa  318  1e-85  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1649  FTR1 family iron permease  31.52 
 
 
696 aa  318  3e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2018  FTR1 family iron permease  31.75 
 
 
696 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1170  iron permease, FTR1 family  30.68 
 
 
691 aa  301  2e-80  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.900718  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0160  iron permease FTR1 family protein  30.52 
 
 
572 aa  239  8e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.31653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0822  iron permease FTR1  39.21 
 
 
396 aa  220  5e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1255  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  30.48 
 
 
603 aa  207  5e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1058  iron permease FTR1  31.73 
 
 
683 aa  183  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0352795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0164  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  32.14 
 
 
653 aa  182  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00534559  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1510  hypothetical protein  31.77 
 
 
422 aa  175  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000353289  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2302  iron permease FTR1  34.08 
 
 
652 aa  172  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2954  iron permease FTR1  32.4 
 
 
652 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3637  iron permease FTR1  32.86 
 
 
664 aa  164  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1883  iron permease FTR1  31.13 
 
 
645 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.895356  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2353  permease  30.81 
 
 
653 aa  159  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2561  iron permease FTR1  31.93 
 
 
647 aa  157  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5282  iron permease FTR1  31.8 
 
 
642 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1641  iron permease FTR1  31.8 
 
 
642 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1817  iron permease FTR1  32.92 
 
 
640 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.214502 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5350  iron permease FTR1  33.78 
 
 
640 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.620494  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5945  Pb(II)-uptake protein PbrT  34.34 
 
 
642 aa  154  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  33.53 
 
 
631 aa  150  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1953  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  32 
 
 
637 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.002939  normal  0.431592 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1022  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  26.88 
 
 
556 aa  149  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1240  iron permease FTR1  33.33 
 
 
644 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  32.3 
 
 
636 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0723  cytochrome c, class I  37.01 
 
 
657 aa  144  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.694021  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  32.74 
 
 
647 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  31.46 
 
 
647 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0482  iron permease FTR1  33.24 
 
 
649 aa  140  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2151  iron permease FTR1  32.94 
 
 
643 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0049  cytochrome c, class I:Iron permease FTR1  32.45 
 
 
632 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2017  iron permease FTR1  29.38 
 
 
413 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00650927  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0141  lead uptake protein, putative  31.69 
 
 
632 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  30.5 
 
 
633 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  30.12 
 
 
652 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0393  hypothetical protein  25.13 
 
 
570 aa  125  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0403  hypothetical protein  25.13 
 
 
570 aa  125  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2692  iron permease FTR1  33.59 
 
 
273 aa  124  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37589  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0292  iron permease FTR1  31.33 
 
 
629 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2612  iron permease FTR1  35.38 
 
 
308 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000110205  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3403  iron permease FTR1  37.26 
 
 
702 aa  102  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1936  iron permease FTR1  33.77 
 
 
279 aa  102  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0480645 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5728  iron permease FTR1  28.52 
 
 
846 aa  101  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.348131  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0820  iron permease FTR1  28.19 
 
 
782 aa  95.1  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.594209  hitchhiker  0.0000623566 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0468  iron permease FTR1  27.05 
 
 
820 aa  94.4  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.402804  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0839  iron permease FTR1  32.47 
 
 
308 aa  93.2  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1870  iron permease FTR1  29.02 
 
 
417 aa  88.6  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0389897  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4287  iron permease FTR1  35.32 
 
 
290 aa  85.9  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.486354  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4468  iron permease FTR1  27.03 
 
 
779 aa  85.9  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.390175  normal  0.0190609 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1733  iron permease FTR1  32.84 
 
 
304 aa  85.5  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.997501  normal  0.21644 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1914  iron permease FTR1  34.93 
 
 
281 aa  84  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.347806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7009  iron permease FTR1  34 
 
 
291 aa  83.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103758  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2258  iron permease FTR1  35.4 
 
 
276 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1981  iron permease FTR1  36.48 
 
 
276 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2443  iron permease FTR1  32.79 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25520  high-affinity Fe2+/Pb2+ permease  32.52 
 
 
294 aa  80.1  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0297463  normal  0.133563 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2929  iron permease FTR1  33.33 
 
 
281 aa  79  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00359497  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2435  iron permease FTR1  25.61 
 
 
743 aa  79  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5686  iron permease FTR1  34.98 
 
 
287 aa  78.2  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.435606  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3898  iron permease FTR1  32.99 
 
 
537 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4913  iron permease FTR1  33.66 
 
 
579 aa  75.5  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0188  iron permease FTR1  34.65 
 
 
283 aa  74.7  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0228999 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3143  iron permease FTR1  32.83 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1660  iron permease FTR1  31 
 
 
278 aa  74.3  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3348  iron permease FTR1  27.38 
 
 
677 aa  71.2  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0433  iron permease FTR1  32.84 
 
 
278 aa  70.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00287745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2872  Iron permease FTR1  30.2 
 
 
279 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.121627  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1763  Iron permease FTR1  30.29 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2784  iron permease FTR1  32.02 
 
 
281 aa  69.3  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1568  iron permease FTR1  33.33 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2875  iron permease FTR1  31.13 
 
 
280 aa  68.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.834604  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3388  iron permease FTR1  33.63 
 
 
294 aa  68.6  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1545  FTR1 family protein  30.93 
 
 
277 aa  68.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.884821  normal  0.11427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1811  iron permease FTR1  28.92 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.668278 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2366  iron permease FTR1  31.19 
 
 
282 aa  68.2  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0450502  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2264  ferrous iron permease EfeU  31.19 
 
 
282 aa  68.2  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2040  ferrous iron permease EfeU  31.68 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.19312 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1952  iron permease FTR1  34.34 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.495146  normal  0.377352 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5173  iron permease FTR1  29.06 
 
 
314 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000262497 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2597  Iron permease FTR1  28.07 
 
 
290 aa  65.5  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01019  putative membrane protein  31.84 
 
 
279 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.348057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1258  iron permease FTR1 family protein  31.84 
 
 
276 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.20725  normal  0.52486 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01026  hypothetical protein  31.84 
 
 
276 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.377125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1132  iron permease FTR1 family protein  31.84 
 
 
276 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0198612  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1136  FTR1 family iron permease  31.84 
 
 
276 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.161686  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2579  FTR1 family protein  31.84 
 
 
276 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0388425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3859  iron permease FTR1  30.09 
 
 
280 aa  64.7  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.627947  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2106  iron permease FTR1 family protein  31.84 
 
 
276 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.178558  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1955  iron permease FTR1  26.11 
 
 
281 aa  63.9  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0621861  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>