More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1000 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1000  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  392  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.745862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1231  LuxR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 223 aa  251  4.0000000000000004e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0698119  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  50.39 
 
 		 544 aa  136  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  48.03 
 
 		 539 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  48.39 
 
 		 541 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  48.39 
 
 		 541 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  48.03 
 
 		 533 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  48.03 
 
 		 544 aa  127  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  46.4 
 
 		 507 aa  127  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  50 
 
 		 541 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  45.04 
 
 		 534 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  38.95 
 
 		 488 aa  117  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 		 488 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  41.73 
 
 		 534 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  46.02 
 
 		 531 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  46.9 
 
 		 533 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  54.46 
 
 		 503 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.52 
 
 		 890 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  44.09 
 
 		 534 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.42 
 
 		 814 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  44.25 
 
 		 491 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.89 
 
 		 812 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 		 488 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  46.02 
 
 		 533 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.46 
 
 		 888 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 		 559 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  48 
 
 		 411 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  40.14 
 
 		 901 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.35 
 
 		 578 aa  112  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  41.5 
 
 		 364 aa  112  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  47.32 
 
 		 760 aa  112  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  45.87 
 
 		 644 aa  111  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 		 812 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 354 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  46.53 
 
 		 463 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.41 
 
 		 1877 aa  108  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  42.96 
 
 		 369 aa  108  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  46.53 
 
 		 463 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  46.02 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  48.51 
 
 		 345 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  42.28 
 
 		 354 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  42.28 
 
 		 354 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2006  putative blue-light photoreceptor  42.31 
 
 		 139 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0395879 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 1820 aa  101  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.09 
 
 		 654 aa  100  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  42 
 
 		 375 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  40.35 
 
 		 680 aa  100  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  47.52 
 
 		 338 aa  99.8  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  43.09 
 
 		 723 aa  99  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 		 477 aa  98.2  7e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40751  predicted protein  42.73 
 
 		 734 aa  98.2  7e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00189379 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.57 
 
 		 1021 aa  97.8  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  45.1 
 
 		 103 aa  97.8  9e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.45 
 
 		 587 aa  96.7  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  42.16 
 
 		 150 aa  95.9  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  47.52 
 
 		 342 aa  95.5  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  41.59 
 
 		 581 aa  94.7  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1437  PAS fold domain protein  46.36 
 
 		 184 aa  94  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.298234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  44.55 
 
 		 334 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  39.45 
 
 		 147 aa  92  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  39.81 
 
 		 152 aa  91.7  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  38.6 
 
 		 149 aa  91.3  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51933  hypothetical protein  44.12 
 
 		 142 aa  90.5  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.216108  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.24 
 
 		 913 aa  89.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  38.94 
 
 		 366 aa  89  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  43.56 
 
 		 360 aa  88.6  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 		 366 aa  88.6  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  37.17 
 
 		 366 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  39.42 
 
 		 580 aa  88.2  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.51 
 
 		 1254 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 481 aa  87  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  36.55 
 
 		 570 aa  87  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0376  putative PAS/PAC sensor protein  40.46 
 
 		 408 aa  86.3  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000066026  normal  0.449331 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  37.17 
 
 		 151 aa  86.7  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.32 
 
 		 743 aa  86.3  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  48.81 
 
 		 108 aa  85.5  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2087  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 		 240 aa  85.5  5e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.37 
 
 		 1017 aa  85.5  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15468  predicted protein  36.7 
 
 		 120 aa  85.1  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.242872  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  40.43 
 
 		 110 aa  84.3  9e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 836 aa  84.3  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 481 aa  84.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1894  PAS sensor protein  36.89 
 
 		 387 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  36.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.09 
 
 		 1238 aa  80.9  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  35.09 
 
 		 1178 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1429  sensory box protein  35.4 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 959 aa  79  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 		 1183 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 		 1183 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.63 
 
 		 929 aa  78.6  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 		 389 aa  78.6  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  34.62 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  35.58 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.664514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2624  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1704  histidine kinase  47.22 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.318661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 		 905 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 		 578 aa  75.5  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  35.71 
 
 		 1317 aa  75.1  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>