More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1621 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 349 aa  704    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.6 
 
 		 336 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.64 
 
 		 337 aa  396  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.63 
 
 		 344 aa  386  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1580  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.23 
 
 		 343 aa  376  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0510693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2066  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.21 
 
 		 343 aa  370  1e-101  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.57 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.17 
 
 		 334 aa  358  7e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.73 
 
 		 335 aa  358  8e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0353  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.91 
 
 		 335 aa  355  7.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.46 
 
 		 331 aa  355  7.999999999999999e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.96 
 
 		 326 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.07 
 
 		 339 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.07 
 
 		 340 aa  354  1e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1725  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.42 
 
 		 331 aa  354  1e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.76 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.76 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.87 
 
 		 335 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.45 
 
 		 339 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.28 
 
 		 338 aa  350  2e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.1 
 
 		 353 aa  350  2e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.67 
 
 		 343 aa  350  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1700  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.17 
 
 		 331 aa  350  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1038  TIM-barrel protein, yjbN family  54.35 
 
 		 345 aa  350  3e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.112762 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1918  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.78 
 
 		 337 aa  348  7e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0536  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.23 
 
 		 329 aa  347  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00246353  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.85 
 
 		 340 aa  347  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3573  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.17 
 
 		 336 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3341  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.61 
 
 		 349 aa  346  3e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4051  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.04 
 
 		 345 aa  346  4e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000175838  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1933  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.7 
 
 		 331 aa  345  5e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.138188 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.47 
 
 		 327 aa  345  6e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32690  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.8 
 
 		 336 aa  345  6e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.46 
 
 		 328 aa  345  7e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  54.8 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.95 
 
 		 340 aa  344  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  52.83 
 
 		 315 aa  344  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2169  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.68 
 
 		 336 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.73 
 
 		 330 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1710  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.62 
 
 		 336 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262084  hitchhiker  0.0000258631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2017  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.21 
 
 		 341 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1832  TIM-barrel protein, yjbN family  54.72 
 
 		 376 aa  341  1e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  0.0707326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1686  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.1 
 
 		 321 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.902127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2362  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.95 
 
 		 334 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1936  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.96 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.564844  normal  0.370687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1235  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.35 
 
 		 346 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346697  normal  0.903363 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2084  YjbN family TIM-barrel protein  52.27 
 
 		 339 aa  340  2e-92  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.46 
 
 		 327 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.04 
 
 		 345 aa  339  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.56 
 
 		 338 aa  338  9e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1299  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.77 
 
 		 344 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0487705  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.34 
 
 		 345 aa  338  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  55.97 
 
 		 329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.34 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27980  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.92 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.29 
 
 		 318 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2513  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.77 
 
 		 341 aa  335  5e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.77 
 
 		 327 aa  335  5e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.2 
 
 		 357 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.34 
 
 		 344 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  54.63 
 
 		 344 aa  332  4e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3824  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.92 
 
 		 331 aa  332  6e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.22 
 
 		 339 aa  332  6e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.5 
 
 		 365 aa  332  9e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.5 
 
 		 365 aa  332  9e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0970  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.27 
 
 		 353 aa  331  9e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.5228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.08 
 
 		 331 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.25 
 
 		 329 aa  331  1e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  51.38 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.94 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.61 
 
 		 339 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.61 
 
 		 436 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.61 
 
 		 339 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.61 
 
 		 339 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.19 
 
 		 336 aa  329  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1043  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.76 
 
 		 328 aa  329  5.0000000000000004e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.648641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.86 
 
 		 332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2126  TIM-barrel protein, yjbN family  54.78 
 
 		 336 aa  328  7e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.82 
 
 		 331 aa  328  7e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0110  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.09 
 
 		 328 aa  327  1.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1174  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.58 
 
 		 327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221555  normal  0.358553 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  50 
 
 		 348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.29 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  49.85 
 
 		 330 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.29 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.01 
 
 		 442 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  48.01 
 
 		 357 aa  325  5e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.88 
 
 		 347 aa  325  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  51.88 
 
 		 345 aa  325  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.88 
 
 		 347 aa  325  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.88 
 
 		 347 aa  325  6e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.58 
 
 		 340 aa  325  6e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.88 
 
 		 339 aa  325  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.7 
 
 		 332 aa  325  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.81 
 
 		 300 aa  325  7e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.7 
 
 		 332 aa  325  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.88 
 
 		 345 aa  325  9e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.7 
 
 		 332 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.58 
 
 		 317 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>