184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1167 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  100 
 
 		 406 aa  773    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  32.6 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  30.35 
 
 		 390 aa  93.6  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  32.66 
 
 		 370 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.46 
 
 		 485 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.68 
 
 		 481 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.35 
 
 		 488 aa  78.2  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.21 
 
 		 484 aa  76.6  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.06 
 
 		 482 aa  76.6  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2005  hydrogenase expression/formation  29.83 
 
 		 368 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  32.95 
 
 		 479 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.17 
 
 		 505 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  31.64 
 
 		 485 aa  73.6  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  48.75 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.21 
 
 		 472 aa  70.5  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.21 
 
 		 485 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.88 
 
 		 480 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1158  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  29.58 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.846378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.07 
 
 		 481 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  50 
 
 		 379 aa  67  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  31.86 
 
 		 474 aa  67  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.39 
 
 		 475 aa  66.6  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  19.11 
 
 		 439 aa  66.2  0.0000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  32.39 
 
 		 475 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.65 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3980  hypothetical protein  42.17 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.63 
 
 		 547 aa  62.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.68 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.64 
 
 		 477 aa  61.2  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2181  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  32.72 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.124929  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  27.18 
 
 		 545 aa  60.5  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.94 
 
 		 526 aa  59.7  0.00000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  36.36 
 
 		 548 aa  59.7  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.55 
 
 		 475 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  29.41 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  18.81 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.46 
 
 		 535 aa  57.4  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.64 
 
 		 554 aa  57.4  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.59 
 
 		 421 aa  57  0.0000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.03 
 
 		 532 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.97 
 
 		 509 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  31.03 
 
 		 532 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.72 
 
 		 578 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  27.45 
 
 		 526 aa  55.1  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.94 
 
 		 481 aa  55.5  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  25.97 
 
 		 518 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1534  hypothetical protein  35.48 
 
 		 101 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00103217  normal  0.023944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  31.82 
 
 		 535 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0920  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like protein  33.33 
 
 		 379 aa  55.1  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.89 
 
 		 545 aa  55.1  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  31.87 
 
 		 568 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.5 
 
 		 569 aa  54.3  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  28.26 
 
 		 536 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  26.92 
 
 		 526 aa  54.3  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.65 
 
 		 560 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7257  HupK protein  45.33 
 
 		 336 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.53403  normal  0.383588 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  31.11 
 
 		 532 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35 
 
 		 488 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.33 
 
 		 570 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.21 
 
 		 562 aa  53.5  0.000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  34.83 
 
 		 368 aa  53.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2143  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.4 
 
 		 598 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2189  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.4 
 
 		 598 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.269515 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.15 
 
 		 619 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.21 
 
 		 534 aa  52.4  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.03 
 
 		 532 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.6 
 
 		 504 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2130  hydrogen:quinone oxidoreductase  31.4 
 
 		 598 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638664  normal  0.0209583 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.18 
 
 		 513 aa  52.8  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.23 
 
 		 572 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.25 
 
 		 573 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.85 
 
 		 566 aa  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.89 
 
 		 531 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08120  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  33.33 
 
 		 601 aa  51.6  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.89 
 
 		 531 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2541  Cytochrome-c3 hydrogenase  32.63 
 
 		 593 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166468  normal  0.411855 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.79 
 
 		 558 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.41 
 
 		 531 aa  51.2  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.77 
 
 		 597 aa  51.6  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.7 
 
 		 570 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.87 
 
 		 604 aa  51.2  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  26.6 
 
 		 567 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0441  hypothetical protein  27.66 
 
 		 397 aa  50.8  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.11 
 
 		 559 aa  50.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  43.16 
 
 		 384 aa  50.4  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 		 488 aa  50.4  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.1 
 
 		 598 aa  50.8  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.55 
 
 		 570 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  28.12 
 
 		 618 aa  50.1  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  27.81 
 
 		 456 aa  50.1  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.76 
 
 		 572 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>