60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0986 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 210 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  94.76 
 
 		 210 aa  373  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  80.48 
 
 		 217 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  54.02 
 
 		 218 aa  187  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  53.92 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.06 
 
 		 200 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  41.06 
 
 		 200 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.06 
 
 		 200 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  41.06 
 
 		 200 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  38.57 
 
 		 209 aa  94.7  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  32.86 
 
 		 214 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  34.27 
 
 		 209 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  37.14 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  37.62 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  37.2 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  40.1 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  37.2 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  40.1 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  37.2 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  40.1 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  37.14 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  36.04 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  37.86 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  37.5 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  32.11 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  32.8 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  40.23 
 
 		 152 aa  60.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  40.23 
 
 		 152 aa  60.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  32.54 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  30.85 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  33.52 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  31.79 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  33.52 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  29.56 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  29.73 
 
 		 185 aa  51.6  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.64 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  28.57 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  32.46 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  30.82 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  31.53 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  38.24 
 
 		 207 aa  48.1  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  36.62 
 
 		 201 aa  48.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  35.96 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  30.97 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.81 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.81 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.81 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  28.04 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.35 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  45.4  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.34 
 
 		 215 aa  45.4  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  26.95 
 
 		 212 aa  45.1  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  35.21 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  36.84 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.65 
 
 		 217 aa  43.5  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  27.84 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  33.8 
 
 		 206 aa  42  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  32.88 
 
 		 206 aa  41.6  0.008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>