65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BMASAVP1_A2472 on replicon NC_008785
Organism: Burkholderia mallei SAVP1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  99 
 
 
200 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  98.5 
 
 
200 aa  387  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  98.5 
 
 
200 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  94 
 
 
200 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  74.63 
 
 
209 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  75.12 
 
 
205 aa  244  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  74.63 
 
 
205 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  74.63 
 
 
205 aa  242  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  74.63 
 
 
209 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  73.63 
 
 
209 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  73.63 
 
 
205 aa  235  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  66.51 
 
 
209 aa  205  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  64.45 
 
 
214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  58.88 
 
 
217 aa  175  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  43.56 
 
 
218 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  41.06 
 
 
210 aa  85.9  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  39.81 
 
 
210 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  40.69 
 
 
217 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  40 
 
 
212 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  35.86 
 
 
214 aa  66.2  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  34 
 
 
202 aa  61.2  0.000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  32.34 
 
 
185 aa  60.1  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  45.57 
 
 
215 aa  55.5  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  26.64 
 
 
214 aa  54.3  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  30.21 
 
 
179 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  32.26 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  33.66 
 
 
222 aa  53.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  32.62 
 
 
207 aa  50.1  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  38.96 
 
 
189 aa  49.7  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  30.38 
 
 
208 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  30.38 
 
 
208 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  30.38 
 
 
208 aa  48.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.02 
 
 
215 aa  48.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  30.38 
 
 
208 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  34.05 
 
 
207 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  26.5 
 
 
188 aa  46.6  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.8 
 
 
215 aa  47  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  27.1 
 
 
213 aa  46.6  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  41.3 
 
 
224 aa  47.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  30.09 
 
 
238 aa  46.2  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  56.25 
 
 
207 aa  46.2  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  44.16 
 
 
198 aa  46.2  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  34.81 
 
 
200 aa  44.7  0.0009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.21 
 
 
218 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.21 
 
 
218 aa  44.7  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.21 
 
 
218 aa  44.7  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  33.61 
 
 
205 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  31.58 
 
 
152 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  30.32 
 
 
199 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  31.58 
 
 
152 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.66 
 
 
217 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  43.75 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  32.56 
 
 
233 aa  43.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  29.5 
 
 
207 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  36.46 
 
 
201 aa  43.1  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  35.06 
 
 
196 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  29 
 
 
207 aa  42.4  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  29 
 
 
207 aa  42  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  37.97 
 
 
206 aa  41.6  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  38.96 
 
 
206 aa  41.6  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  29.01 
 
 
206 aa  41.6  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>