51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1056 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  100 
 
 		 217 aa  430  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  82.86 
 
 		 210 aa  326  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  80.48 
 
 		 210 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  57.85 
 
 		 218 aa  198  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  56.28 
 
 		 212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  42.36 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  42.36 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  42.36 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  42.36 
 
 		 200 aa  108  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  36.45 
 
 		 209 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  42.18 
 
 		 209 aa  96.3  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  39.17 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  42.36 
 
 		 200 aa  91.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  42.03 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  42.36 
 
 		 200 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  40.28 
 
 		 209 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  38.54 
 
 		 200 aa  86.3  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  39.32 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  40.49 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  39.81 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  38.83 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  39.23 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  38.83 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  38.38 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  33.33 
 
 		 215 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  31.18 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  37.04 
 
 		 152 aa  62  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  37.04 
 
 		 152 aa  62  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  33.69 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  30.54 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  32.24 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  30 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  30.39 
 
 		 199 aa  52.8  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  34.07 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  33.83 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  28.27 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  29.53 
 
 		 179 aa  50.1  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  27.4 
 
 		 188 aa  48.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  39.73 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  33.91 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  27.37 
 
 		 214 aa  45.8  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  36.99 
 
 		 201 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.91 
 
 		 217 aa  44.7  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  29.08 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  36.26 
 
 		 198 aa  43.9  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  39.73 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  46.67 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  46.67 
 
 		 212 aa  43.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  46.67 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  29.29 
 
 		 206 aa  41.6  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.29 
 
 		 215 aa  41.6  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>