47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1396 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 222 aa  440  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  44.69 
 
 		 207 aa  138  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  40.35 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  43.1 
 
 		 213 aa  131  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  41.96 
 
 		 207 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  42.41 
 
 		 207 aa  122  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  40.34 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  40.36 
 
 		 202 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  39.21 
 
 		 199 aa  99.4  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  35.75 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  38.16 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  36.41 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  34.65 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  34.65 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  34.65 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  34.65 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  39.55 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  33.16 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  32.67 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  34.65 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  33.5 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  37.35 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  34.33 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  33.66 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  34.18 
 
 		 189 aa  52.4  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  30.65 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  31.47 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  35.5 
 
 		 217 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  32.51 
 
 		 200 aa  48.9  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  36 
 
 		 212 aa  48.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  32.2 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  35.12 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  29.59 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1470  hypothetical protein  26.16 
 
 		 168 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  34.43 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  35.44 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  32.93 
 
 		 179 aa  45.1  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  31.76 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  33.98 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  34.15 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  34.15 
 
 		 205 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  35.5 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  32.73 
 
 		 212 aa  43.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  23.65 
 
 		 233 aa  42.7  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  34.62 
 
 		 193 aa  42  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  27.04 
 
 		 205 aa  41.6  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  33.33 
 
 		 208 aa  41.6  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>