48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_1606 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  100 
 
 		 233 aa  484  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.04 
 
 		 212 aa  131  7.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.79 
 
 		 217 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 		 215 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 		 216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 		 216 aa  119  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.84 
 
 		 215 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.13 
 
 		 216 aa  118  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.11 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.11 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.05 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.11 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.75 
 
 		 221 aa  111  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  31.25 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  29.17 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  29.9 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  28.72 
 
 		 212 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  29.08 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  27.78 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  29.08 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  30.37 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  28.43 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  28.43 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  27.45 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  27 
 
 		 208 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  27 
 
 		 208 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  27 
 
 		 208 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  27 
 
 		 208 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  27.5 
 
 		 206 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  28.11 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  31.09 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  26.55 
 
 		 177 aa  58.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  28.79 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  30.85 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  27.45 
 
 		 198 aa  49.7  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  24.04 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  28.5 
 
 		 206 aa  45.4  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>