54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2530 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  100 
 
 		 205 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  53.66 
 
 		 212 aa  215  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  55.61 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  54.36 
 
 		 212 aa  204  5e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.38 
 
 		 212 aa  124  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.49 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.49 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.49 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.49 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.49 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.91 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.91 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.92 
 
 		 216 aa  115  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.91 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  42.79 
 
 		 217 aa  115  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.03 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.54 
 
 		 215 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.56 
 
 		 217 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.69 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  39.69 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  37.36 
 
 		 200 aa  104  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  36.76 
 
 		 207 aa  101  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  36.13 
 
 		 200 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  37.17 
 
 		 208 aa  98.6  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  36.76 
 
 		 206 aa  98.2  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  37.17 
 
 		 208 aa  97.8  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  37.17 
 
 		 208 aa  97.8  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  37.17 
 
 		 208 aa  97.8  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  36.22 
 
 		 207 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  34.95 
 
 		 205 aa  97.1  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.86 
 
 		 221 aa  95.5  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  35.68 
 
 		 207 aa  95.1  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  35.14 
 
 		 207 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  39.47 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  36.17 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  29.17 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  39.47 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  34.05 
 
 		 198 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  31.32 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  33.17 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  30.77 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  29.59 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  29.93 
 
 		 263 aa  46.2  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  39.22 
 
 		 185 aa  42.4  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  44.44 
 
 		 209 aa  42  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  44.44 
 
 		 205 aa  42  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  26.4 
 
 		 179 aa  41.6  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  26 
 
 		 189 aa  41.2  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>