40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0604 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 215 aa  416  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  41.04 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  32.39 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  31.58 
 
 		 214 aa  64.7  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  49.38 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  47.5 
 
 		 214 aa  62  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  38.97 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  38.54 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  45.12 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  47.37 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  45.45 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  45.57 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  45.57 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  45.57 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  45.57 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  45.12 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  30.52 
 
 		 199 aa  52  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  43.33 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  43.84 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  43.84 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  39.55 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  43.84 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  27.23 
 
 		 195 aa  49.3  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  44.3 
 
 		 209 aa  48.9  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  43.33 
 
 		 217 aa  47  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  39.74 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  41.89 
 
 		 200 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  35.9 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  34.45 
 
 		 200 aa  46.2  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  41.43 
 
 		 207 aa  45.4  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  41.43 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  31.09 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  43.84 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  43.84 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  41.03 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  30.58 
 
 		 207 aa  42.7  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  42.47 
 
 		 205 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  42.47 
 
 		 205 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  42.47 
 
 		 205 aa  42  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  35.29 
 
 		 189 aa  41.6  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>