85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1008 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 205 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  99.51 
 
 		 209 aa  401  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  92.68 
 
 		 209 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  96.59 
 
 		 205 aa  350  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  96.59 
 
 		 205 aa  350  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  96.59 
 
 		 205 aa  350  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  96.1 
 
 		 209 aa  347  8e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  73.63 
 
 		 200 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  73.63 
 
 		 200 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  73.63 
 
 		 200 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  73.63 
 
 		 200 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  74.13 
 
 		 200 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  74.13 
 
 		 200 aa  225  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  73.63 
 
 		 200 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  75.12 
 
 		 200 aa  218  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  68.54 
 
 		 209 aa  211  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  66.51 
 
 		 214 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  62.79 
 
 		 217 aa  187  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  41.67 
 
 		 218 aa  86.7  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  39.61 
 
 		 210 aa  85.5  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  39.62 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  41.75 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  37.5 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  36.82 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  33.7 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  34.48 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  33.97 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  30.1 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  46.05 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.25 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  30.54 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  36 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  40.79 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  33.17 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40 
 
 		 215 aa  52.4  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  35.11 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  36.54 
 
 		 208 aa  51.6  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  35.4 
 
 		 152 aa  51.6  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  35.4 
 
 		 152 aa  51.6  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  36.54 
 
 		 208 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  36.54 
 
 		 208 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  36.54 
 
 		 208 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  28.91 
 
 		 214 aa  50.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  33.33 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.46 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  38.78 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  45.57 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  34.95 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  29.23 
 
 		 179 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  34.95 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  34.95 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  40.54 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.03 
 
 		 217 aa  48.5  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  33.33 
 
 		 206 aa  48.5  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  31.03 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.54 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  42.25 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  32.84 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  42.25 
 
 		 212 aa  47.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  32.58 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  26.06 
 
 		 233 aa  46.6  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  42.11 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  40.85 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.36 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  38.36 
 
 		 216 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  33.01 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  44.44 
 
 		 207 aa  45.4  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  28.64 
 
 		 222 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  28.48 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>