61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3273 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 207 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  97.58 
 
 		 207 aa  331  6e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  54.98 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  46.15 
 
 		 238 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  52.4 
 
 		 202 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  43.27 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  39.57 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  39.45 
 
 		 213 aa  116  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  41.35 
 
 		 199 aa  105  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  38.79 
 
 		 214 aa  101  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  32.61 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  33.66 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  33.66 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  31.94 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  33.66 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  33.66 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  33.51 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  30.24 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  31.28 
 
 		 210 aa  52  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  54 
 
 		 209 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  33.17 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  33.17 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  29.41 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  31.53 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  31.34 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  31.22 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  32.67 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  31.6 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  50 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  30.77 
 
 		 217 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  39.47 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  25.57 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  30.05 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  46.15 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  30.05 
 
 		 205 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  30.05 
 
 		 205 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  47.83 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  47.83 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  47.83 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  47.83 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  47.83 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  50 
 
 		 216 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 216 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  30.54 
 
 		 209 aa  45.1  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  50 
 
 		 212 aa  45.1  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  36.84 
 
 		 189 aa  45.1  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  52.08 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1340  anti sigma-E protein, RseA  37.33 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0581505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.8 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  41.3 
 
 		 216 aa  43.1  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  27.45 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  33.85 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  25.84 
 
 		 206 aa  42.7  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  45.1 
 
 		 200 aa  42  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  25.7 
 
 		 207 aa  41.2  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>