74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2725 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  100 
 
 		 216 aa  441  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  99.54 
 
 		 216 aa  437  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  97.69 
 
 		 212 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  87.96 
 
 		 216 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  91.67 
 
 		 216 aa  359  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  91.67 
 
 		 216 aa  359  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  91.67 
 
 		 216 aa  359  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  91.67 
 
 		 216 aa  359  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  91.67 
 
 		 216 aa  359  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  63.3 
 
 		 218 aa  284  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  63.3 
 
 		 218 aa  284  7e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  63.3 
 
 		 218 aa  284  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  67.28 
 
 		 217 aa  271  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  62.79 
 
 		 215 aa  266  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  61.86 
 
 		 215 aa  260  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  59.17 
 
 		 217 aa  248  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  56.56 
 
 		 221 aa  220  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  45.18 
 
 		 212 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  42.08 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  41.09 
 
 		 208 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  35.94 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  39.69 
 
 		 205 aa  128  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  38.62 
 
 		 207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  38.62 
 
 		 207 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  38.62 
 
 		 207 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  37.57 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  38.83 
 
 		 200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  38.1 
 
 		 206 aa  119  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  37.63 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  37.63 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  37.63 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  37.63 
 
 		 208 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  37.23 
 
 		 200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  36.32 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  42.78 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  39.89 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  39.09 
 
 		 200 aa  104  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  37.57 
 
 		 206 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  39.15 
 
 		 206 aa  95.1  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  33.7 
 
 		 177 aa  89.4  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  34.9 
 
 		 193 aa  87.8  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  24.35 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  41.79 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  32.73 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  47.83 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  47.83 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  37.1 
 
 		 263 aa  53.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  41.67 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  44.12 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01712  regulatory protein  40.24 
 
 		 296 aa  51.6  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.586508  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  42.03 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1340  anti sigma-E protein, RseA  29.91 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0581505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  38.36 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  38.36 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  38.36 
 
 		 209 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  34.15 
 
 		 194 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  34.15 
 
 		 194 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  32.73 
 
 		 185 aa  45.1  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  39.73 
 
 		 238 aa  45.1  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  36.99 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  36.99 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  36.99 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  50 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  50 
 
 		 207 aa  44.3  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  40.58 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  36.9 
 
 		 209 aa  43.9  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  34.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  39.76 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>