47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5266 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  44.49 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  47.01 
 
 		 207 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  44.87 
 
 		 207 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  39.06 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  43.03 
 
 		 202 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  34.2 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  35.66 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  34.22 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  34.6 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  36.26 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  47.06 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  50 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  28.51 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  31.19 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  30.73 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  44.74 
 
 		 195 aa  53.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  28.65 
 
 		 212 aa  49.3  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.75 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 216 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.73 
 
 		 212 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  38.67 
 
 		 209 aa  45.4  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.28 
 
 		 215 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.89 
 
 		 215 aa  44.7  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.44 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.44 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.44 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.44 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.44 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  37.33 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  47.27 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  39.44 
 
 		 217 aa  42.4  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>