51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0921 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 210 aa  421  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  94.76 
 
 		 210 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  82.86 
 
 		 217 aa  288  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  54.91 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  54.63 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  39.81 
 
 		 200 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  39.81 
 
 		 200 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  39.81 
 
 		 200 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  39.81 
 
 		 200 aa  96.7  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  39.62 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  33.33 
 
 		 214 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  34.74 
 
 		 209 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  37.74 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  37.26 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  36.55 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  37.26 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  37.8 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  37.74 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  37.26 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  37.8 
 
 		 200 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  37.32 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  37.26 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  37.62 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  37.56 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  32.57 
 
 		 238 aa  68.2  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  31.22 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  31.58 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  40.23 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  40.23 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  29.84 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  32.58 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  30.05 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  32.31 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  30.27 
 
 		 185 aa  51.6  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  33.15 
 
 		 202 aa  49.7  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  27.13 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  30.26 
 
 		 196 aa  48.9  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  36.79 
 
 		 207 aa  48.5  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  32.74 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  30.14 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  32.17 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  35.96 
 
 		 198 aa  45.4  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  27.7 
 
 		 212 aa  45.1  0.0009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  35.21 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  36.84 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.71 
 
 		 217 aa  44.3  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  38.24 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  28.72 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  28.77 
 
 		 207 aa  42.4  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>