84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1084 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 196 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  43.43 
 
 		 189 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  29.74 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  30 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  28.8 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  29.47 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  28.95 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  28.42 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  28.8 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  30 
 
 		 200 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  28.37 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  26.42 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  26.42 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  26.42 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  26.42 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.25 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  34.25 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.11 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.58 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1340  anti sigma-E protein, RseA  28.94 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0581505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  30.11 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  28.81 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.48 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.19 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.56 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  28.25 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.56 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.56 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.56 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.56 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  31.79 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.52 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  31.13 
 
 		 177 aa  52.8  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  34.85 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  31.25 
 
 		 179 aa  50.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  39.13 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  28.79 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  28.79 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  30.77 
 
 		 210 aa  48.5  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  35.44 
 
 		 233 aa  48.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.5 
 
 		 218 aa  47.8  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.5 
 
 		 218 aa  47.8  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  29.33 
 
 		 209 aa  47.8  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  36.23 
 
 		 206 aa  48.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.5 
 
 		 218 aa  47.8  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  35.37 
 
 		 213 aa  47.8  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  28.16 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  33.81 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  32.81 
 
 		 212 aa  46.6  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01712  regulatory protein  42.31 
 
 		 296 aa  47  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.586508  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  40 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  33.02 
 
 		 205 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  33.81 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  33.02 
 
 		 205 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  33.02 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1428  anti sigma-E protein, RseA  31.31 
 
 		 196 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  36.23 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4293  anti sigma-E protein, RseA  31.31 
 
 		 196 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4379  anti sigma-E protein, RseA  31.31 
 
 		 196 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.48 
 
 		 217 aa  45.1  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  38.24 
 
 		 152 aa  44.7  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  30.38 
 
 		 263 aa  44.7  0.0008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  38.24 
 
 		 152 aa  44.7  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  25.87 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1439  hypothetical protein  38.33 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.481629  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1068  anti sigma-E protein, RseA  30.81 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  34.67 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1370  anti sigma-E protein, RseA  35.96 
 
 		 241 aa  43.1  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.145734  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.06 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  35.06 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.06 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.06 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1747  anti sigma-E protein RseA  32.88 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  30.61 
 
 		 214 aa  42  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  34.67 
 
 		 200 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  34.67 
 
 		 200 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  34.67 
 
 		 200 aa  42  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  37.33 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>