69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1238 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 200 aa  408  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1143  anti sigma-E protein, RseA  80.58 
 
 		 206 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000468966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  70.94 
 
 		 200 aa  291  6e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1032  anti sigma-E protein, RseA  73.13 
 
 		 201 aa  280  8.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000142789  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2853  anti sigma-E protein, RseA  66.99 
 
 		 207 aa  278  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2935  anti sigma-E protein, RseA  66.5 
 
 		 207 aa  278  4e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0095897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  67.63 
 
 		 207 aa  278  5e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3031  anti sigma-E protein, RseA  66.5 
 
 		 207 aa  277  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134253  normal  0.772285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1273  anti sigma-E protein, RseA  65.22 
 
 		 208 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.187319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3117  anti sigma-E protein, RseA  65.22 
 
 		 208 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10533  normal  0.0310587 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1240  anti sigma-E protein, RseA  65.22 
 
 		 208 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000610666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1196  anti sigma-E protein, RseA  65.22 
 
 		 208 aa  275  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000269656  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  66.34 
 
 		 206 aa  272  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  65.35 
 
 		 205 aa  256  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  64.5 
 
 		 198 aa  236  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  65.85 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  38.65 
 
 		 212 aa  121  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  38.19 
 
 		 208 aa  121  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 212 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  37.69 
 
 		 212 aa  118  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.08 
 
 		 217 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0066  anti sigma-E protein, RseA  42.86 
 
 		 177 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00955502  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  38.83 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  38.83 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.98 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.98 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.98 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.98 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.98 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.7 
 
 		 215 aa  103  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  36.13 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  37.1 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.13 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  39.11 
 
 		 200 aa  99.4  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.72 
 
 		 218 aa  95.9  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.72 
 
 		 218 aa  95.9  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.72 
 
 		 218 aa  95.9  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3675  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.9 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.454383  normal  0.424445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.68 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  35.38 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1606  sigma-E factor negative regulatory protein  30.37 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.291347  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4128  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  29.36 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.564626  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  40.26 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1955  anti sigma-E protein, RseA  27.84 
 
 		 189 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.17101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  38.03 
 
 		 152 aa  49.7  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  38.03 
 
 		 152 aa  49.7  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1084  anti sigma-E protein, RseA  36 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  28.08 
 
 		 179 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  28.33 
 
 		 214 aa  48.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.79 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.79 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  35.79 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  35.79 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  41.18 
 
 		 224 aa  46.2  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  26.09 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  39.44 
 
 		 209 aa  45.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  32.97 
 
 		 210 aa  45.1  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  30.77 
 
 		 210 aa  44.7  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  38.03 
 
 		 209 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  38.03 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  38.03 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  38.03 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  38.03 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>