46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2424 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2424  anti sigma-E protein RseA  100 
 
 		 218 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0241315  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2258  anti sigma-E protein RseA, N-terminal  74.09 
 
 		 212 aa  288  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.14596  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0921  anti sigma-E protein, RseA  54.91 
 
 		 210 aa  190  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0986  anti sigma-E protein, RseA  54.02 
 
 		 210 aa  188  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.99218  normal  0.105676 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1056  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  57.85 
 
 		 217 aa  167  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.640083 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0537  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  43.05 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.587813  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2809  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  43.05 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2472  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  43.05 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1795  putative sigma factor algU regulatory protein MucA  43.05 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2176  anti sigma-E protein, RseA  42.19 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.240551 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2785  sigma factor negative regulatory protein RseA family  45.32 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2900  putative sigma E factor negative regulatory protein  45.32 
 
 		 200 aa  89.7  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2847  sigma factor negative regulatory protein RseA family  43.75 
 
 		 200 aa  89.4  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2905  anti sigma-E protein, RseA  44.2 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.131294  normal  0.588915 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1004  anti sigma-E protein, RseA  41.67 
 
 		 209 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.59721  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1008  anti sigma-E protein, RseA  41.67 
 
 		 205 aa  85.5  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4240  anti sigma-E protein, RseA  41.15 
 
 		 209 aa  85.5  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1086  anti sigma-E protein, RseA  41.67 
 
 		 205 aa  84.7  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0648  anti sigma-E protein, RseA  41.15 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1128  anti sigma-E protein, RseA  41.15 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1724  sigma factor algU regulatory protein MucA, putative  42.34 
 
 		 200 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1079  anti sigma-E protein, RseA  43.09 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0835  anti sigma-E protein, RseA  41.99 
 
 		 217 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0643  putative transmembrane sigma-E factor negative regulatory transcription regulator protein  35.92 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483517  normal  0.192651 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5266  anti sigma-E protein, RseA  34.15 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1190  anti sigma-E protein, RseA  34.22 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201506  normal  0.026536 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2320  anti sigma-E protein, RseA  34.05 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0604  anti sigma-E protein, RseA  33.95 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000998375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1396  anti sigma-E protein, RseA  30.69 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3067  anti sigma-E protein, RseA  30.92 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3273  anti sigma-E protein, RseA  35.75 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.221066  normal  0.389812 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1001  hypothetical protein  41.59 
 
 		 152 aa  54.3  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000551436  normal  0.0534143 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1737  anti sigma-E protein RseA  25.73 
 
 		 214 aa  53.9  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.27797  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0857  hypothetical protein  41.59 
 
 		 152 aa  54.3  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000656151  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3245  anti sigma-E protein, RseA  35.26 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106156 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2626  anti sigma-E protein, RseA  44.12 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3642  anti sigma-E protein RseA  39.71 
 
 		 199 aa  49.7  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  44.87 
 
 		 215 aa  48.9  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2094  hypothetical protein  38.71 
 
 		 185 aa  48.5  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  43.59 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  44.64 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2771  sigma-E factor negative regulatory protein  33.33 
 
 		 206 aa  45.4  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00404119  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  48.15 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  40.96 
 
 		 221 aa  43.5  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  25.42 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0875  sigma-E factor negative regulatory protein  41.33 
 
 		 198 aa  42.7  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.304231  normal  0.0528979 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>