65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3558 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3558  hypothetical protein  100 
 
 		 455 aa  927    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2394  hypothetical protein  71.71 
 
 		 456 aa  691    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.600984  normal  0.360592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3057  hypothetical protein  65.65 
 
 		 464 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2418  hypothetical protein  54.02 
 
 		 483 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00315022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3326  hypothetical protein  49.39 
 
 		 479 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1697  hypothetical protein  50.88 
 
 		 605 aa  230  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0623596  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4775  hypothetical protein  50.66 
 
 		 602 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0227  von Willebrand factor type A  32.89 
 
 		 436 aa  204  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0543  hypothetical protein  28.76 
 
 		 518 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2603  hypothetical protein  25.37 
 
 		 520 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.438803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1104  hypothetical protein  24.69 
 
 		 483 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0811  hypothetical protein  40.28 
 
 		 435 aa  93.6  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0183  Flp pilus assembly protein TadG  31.06 
 
 		 562 aa  82  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2084  hypothetical protein  29.06 
 
 		 549 aa  82.4  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2602  Flp pilus assembly protein TadG  22.03 
 
 		 500 aa  80.5  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.276782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0919  hypothetical protein  32.94 
 
 		 435 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.432365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5557  hypothetical protein  24.65 
 
 		 568 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.740947 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2274  hypothetical protein  27.32 
 
 		 666 aa  74.3  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378789  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2249  hypothetical protein  35.66 
 
 		 432 aa  73.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0477  hypothetical protein  35.14 
 
 		 443 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4760  hypothetical protein  38.89 
 
 		 390 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3346  von Willebrand factor type A  25.98 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688988 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3441  hypothetical protein  25.47 
 
 		 612 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00864363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7591  hypothetical protein  33.54 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.29036  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2052  hypothetical protein  25.58 
 
 		 566 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3496  hypothetical protein  24.05 
 
 		 568 aa  62.8  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280319  normal  0.0769646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0399  hypothetical protein  25.58 
 
 		 566 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0556  hypothetical protein  28.08 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2204  hypothetical protein  32.61 
 
 		 409 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7530  hypothetical protein  31.91 
 
 		 511 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4864  hypothetical protein  28.03 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.739447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0904  hypothetical protein  23.31 
 
 		 539 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0614  hypothetical protein  22.14 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4937  hypothetical protein  31.37 
 
 		 440 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4788  hypothetical protein  25.77 
 
 		 461 aa  53.1  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.110982 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0838  hypothetical protein  25.11 
 
 		 563 aa  53.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.296759  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2499  hypothetical protein  30.89 
 
 		 631 aa  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.33724  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6370  hypothetical protein  29.25 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632795 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2267  hypothetical protein  23.77 
 
 		 553 aa  51.2  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.593229 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3818  hypothetical protein  47.54 
 
 		 473 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5496  hypothetical protein  38.46 
 
 		 423 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.117089  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6782  hypothetical protein  38.46 
 
 		 423 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15597  normal  0.0675902 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5998  hypothetical protein  38.24 
 
 		 423 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0295  hypothetical protein  25 
 
 		 528 aa  51.6  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3028  hypothetical protein  22.97 
 
 		 605 aa  51.2  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29742  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3511  hypothetical protein  50 
 
 		 473 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6294  hypothetical protein  38.24 
 
 		 423 aa  50.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5624  hypothetical protein  40.74 
 
 		 359 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.542245  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0869  hypothetical protein  50 
 
 		 477 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7199  hypothetical protein  36.92 
 
 		 423 aa  50.1  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0783166  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1938  putative signal peptide protein  32.35 
 
 		 126 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0676  hypothetical protein  24.53 
 
 		 543 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.376647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5224  hypothetical protein  27.18 
 
 		 478 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.313763  normal  0.0844208 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0645  hypothetical protein  41.07 
 
 		 434 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171789  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2151  hypothetical protein  21.39 
 
 		 582 aa  48.5  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.940031  normal  0.0926842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1524  hypothetical protein  44.9 
 
 		 409 aa  47.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0657  hypothetical protein  41.67 
 
 		 356 aa  46.6  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0992013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3896  hypothetical protein  27.15 
 
 		 473 aa  46.2  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27072  normal  0.662181 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2270  hypothetical protein  42.86 
 
 		 418 aa  46.6  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.763096  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4401  hypothetical protein  37.18 
 
 		 534 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2645  hypothetical protein  28.17 
 
 		 319 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0362  hypothetical protein  43.55 
 
 		 437 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0639849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0537  hypothetical protein  40.74 
 
 		 480 aa  45.8  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2733  von Willebrand factor type A  26.32 
 
 		 406 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2717  hypothetical protein  28.47 
 
 		 432 aa  43.9  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.452061 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>