44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0919 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0811  hypothetical protein  76.78 
 
 
435 aa  696    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563774  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0919  hypothetical protein  100 
 
 
435 aa  885    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.432365  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2717  hypothetical protein  54.76 
 
 
432 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2249  hypothetical protein  53.01 
 
 
432 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7591  hypothetical protein  51.35 
 
 
449 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.29036  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0477  hypothetical protein  53.29 
 
 
443 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0556  hypothetical protein  50.78 
 
 
453 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2844  hypothetical protein  51.4 
 
 
432 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2008  hypothetical protein  47.22 
 
 
429 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574447  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2227  hypothetical protein  45.83 
 
 
429 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410036  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2980  hypothetical protein  42.4 
 
 
431 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177531  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0362  hypothetical protein  32.41 
 
 
437 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0639849  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0799  hypothetical protein  33.98 
 
 
468 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7530  hypothetical protein  31.34 
 
 
511 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0869  hypothetical protein  27.85 
 
 
477 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0933  hypothetical protein  27.31 
 
 
473 aa  127  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.509725  normal  0.298047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0894  hypothetical protein  27.31 
 
 
477 aa  126  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.889276  normal  0.647337 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4864  hypothetical protein  27.59 
 
 
462 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.739447 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4788  hypothetical protein  26.81 
 
 
461 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.110982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5224  hypothetical protein  26.69 
 
 
478 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.313763  normal  0.0844208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6382  hypothetical protein  28.6 
 
 
482 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260621  normal  0.316539 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3057  hypothetical protein  38.03 
 
 
464 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1697  hypothetical protein  38.61 
 
 
605 aa  96.7  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0623596  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2418  hypothetical protein  40.71 
 
 
483 aa  90.5  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00315022  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2394  hypothetical protein  34.33 
 
 
456 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.600984  normal  0.360592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4775  hypothetical protein  34.94 
 
 
602 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3558  hypothetical protein  34.12 
 
 
455 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4760  hypothetical protein  42.62 
 
 
390 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3326  hypothetical protein  33.33 
 
 
479 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2204  hypothetical protein  35.25 
 
 
409 aa  59.3  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2084  hypothetical protein  32.19 
 
 
549 aa  58.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5624  hypothetical protein  50.98 
 
 
359 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.542245  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2274  hypothetical protein  30.46 
 
 
666 aa  52.4  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378789  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0227  von Willebrand factor type A  36.42 
 
 
436 aa  50.8  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2084  hypothetical protein  29.92 
 
 
463 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal  0.0261738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3818  hypothetical protein  27.21 
 
 
473 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3511  hypothetical protein  27.21 
 
 
473 aa  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854274  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1938  putative signal peptide protein  39.73 
 
 
126 aa  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2603  hypothetical protein  28.86 
 
 
520 aa  47.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.438803  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0543  hypothetical protein  28.85 
 
 
518 aa  46.6  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1104  hypothetical protein  27.85 
 
 
483 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5557  hypothetical protein  25.33 
 
 
568 aa  45.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.740947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3336  hypothetical protein  33.58 
 
 
407 aa  44.3  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4937  hypothetical protein  27.21 
 
 
440 aa  43.5  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>