55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3057 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3057  hypothetical protein  100 
 
 		 464 aa  944    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2394  hypothetical protein  67.1 
 
 		 456 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.600984  normal  0.360592 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3558  hypothetical protein  65.65 
 
 		 455 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2418  hypothetical protein  52.55 
 
 		 483 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00315022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3326  hypothetical protein  47.19 
 
 		 479 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1697  hypothetical protein  48.25 
 
 		 605 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0623596  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4775  hypothetical protein  50.89 
 
 		 602 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0227  von Willebrand factor type A  31.7 
 
 		 436 aa  189  7e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2603  hypothetical protein  25 
 
 		 520 aa  120  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.438803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0543  hypothetical protein  25.89 
 
 		 518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0811  hypothetical protein  38.69 
 
 		 435 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0919  hypothetical protein  38.03 
 
 		 435 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.432365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1104  hypothetical protein  24.65 
 
 		 483 aa  96.3  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2602  Flp pilus assembly protein TadG  24.17 
 
 		 500 aa  94  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.276782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2084  hypothetical protein  34.62 
 
 		 549 aa  87  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2249  hypothetical protein  37.96 
 
 		 432 aa  87  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0183  Flp pilus assembly protein TadG  29.47 
 
 		 562 aa  80.1  0.00000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5557  hypothetical protein  27.34 
 
 		 568 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.740947 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2274  hypothetical protein  26.24 
 
 		 666 aa  70.9  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378789  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0477  hypothetical protein  34 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0556  hypothetical protein  35.71 
 
 		 453 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4760  hypothetical protein  54 
 
 		 390 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7591  hypothetical protein  30.34 
 
 		 449 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.29036  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4788  hypothetical protein  27.22 
 
 		 461 aa  56.6  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.110982 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2267  hypothetical protein  24.93 
 
 		 553 aa  55.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.593229 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4864  hypothetical protein  28.3 
 
 		 462 aa  55.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.739447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7530  hypothetical protein  29.14 
 
 		 511 aa  55.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3028  hypothetical protein  30.4 
 
 		 605 aa  55.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29742  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5624  hypothetical protein  42.86 
 
 		 359 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.542245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0838  hypothetical protein  29.72 
 
 		 563 aa  53.9  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.296759  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3818  hypothetical protein  28.22 
 
 		 473 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3511  hypothetical protein  28.22 
 
 		 473 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2733  von Willebrand factor type A  27.13 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0362  hypothetical protein  28.3 
 
 		 437 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0639849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0295  hypothetical protein  22.62 
 
 		 528 aa  50.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2052  hypothetical protein  24.77 
 
 		 566 aa  50.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4937  hypothetical protein  29.93 
 
 		 440 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2645  hypothetical protein  28.67 
 
 		 319 aa  50.1  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0399  hypothetical protein  24.77 
 
 		 566 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3441  hypothetical protein  25.36 
 
 		 612 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00864363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2499  hypothetical protein  29.17 
 
 		 631 aa  49.7  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.33724  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3896  hypothetical protein  27.04 
 
 		 473 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27072  normal  0.662181 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3496  hypothetical protein  19.81 
 
 		 568 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280319  normal  0.0769646 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0904  hypothetical protein  22.37 
 
 		 539 aa  48.5  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0869  hypothetical protein  29.44 
 
 		 477 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2204  hypothetical protein  29.29 
 
 		 409 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1524  hypothetical protein  33.33 
 
 		 409 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7199  hypothetical protein  28.28 
 
 		 423 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0783166  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6370  hypothetical protein  28.28 
 
 		 423 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.632795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2717  hypothetical protein  30.56 
 
 		 432 aa  45.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0537  hypothetical protein  43.14 
 
 		 480 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2151  hypothetical protein  24.34 
 
 		 582 aa  45.1  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.940031  normal  0.0926842 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0645  hypothetical protein  33.77 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171789  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6782  hypothetical protein  29.07 
 
 		 423 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15597  normal  0.0675902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5496  hypothetical protein  29.07 
 
 		 423 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.117089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>