41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1104 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_1104  hypothetical protein  100 
 
 
483 aa  984    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0227  von Willebrand factor type A  27.47 
 
 
436 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2394  hypothetical protein  25.34 
 
 
456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.600984  normal  0.360592 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2418  hypothetical protein  26.07 
 
 
483 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00315022  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0543  hypothetical protein  25.36 
 
 
518 aa  108  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3558  hypothetical protein  24.69 
 
 
455 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3326  hypothetical protein  25.64 
 
 
479 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3057  hypothetical protein  24.45 
 
 
464 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2084  hypothetical protein  24.78 
 
 
549 aa  95.5  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1697  hypothetical protein  30.29 
 
 
605 aa  87.8  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0623596  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3496  hypothetical protein  22.29 
 
 
568 aa  78.2  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280319  normal  0.0769646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5557  hypothetical protein  22.74 
 
 
568 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.740947 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2602  Flp pilus assembly protein TadG  25.52 
 
 
500 aa  78.2  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.276782  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4864  hypothetical protein  30.72 
 
 
462 aa  76.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.739447 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2603  hypothetical protein  24.54 
 
 
520 aa  74.7  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.438803  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2052  hypothetical protein  24.82 
 
 
566 aa  73.9  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0399  hypothetical protein  24.7 
 
 
566 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2267  hypothetical protein  27.96 
 
 
553 aa  69.7  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.593229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4775  hypothetical protein  27.19 
 
 
602 aa  67  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4788  hypothetical protein  30.26 
 
 
461 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.110982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7591  hypothetical protein  31.64 
 
 
449 aa  60.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.29036  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3441  hypothetical protein  28.5 
 
 
612 aa  60.5  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00864363  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0838  hypothetical protein  24.88 
 
 
563 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.296759  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2717  hypothetical protein  32.9 
 
 
432 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2274  hypothetical protein  26.74 
 
 
666 aa  55.5  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.378789  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0811  hypothetical protein  28.3 
 
 
435 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563774  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2249  hypothetical protein  32.87 
 
 
432 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2151  hypothetical protein  24.57 
 
 
582 aa  54.7  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.940031  normal  0.0926842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0477  hypothetical protein  30.23 
 
 
443 aa  54.3  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179646  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0919  hypothetical protein  27.85 
 
 
435 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.432365  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4760  hypothetical protein  48.08 
 
 
390 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.636154  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2227  hypothetical protein  27.22 
 
 
429 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410036  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0183  Flp pilus assembly protein TadG  26.09 
 
 
562 aa  50.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.44527 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0556  hypothetical protein  40.62 
 
 
453 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7530  hypothetical protein  29.12 
 
 
511 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2499  hypothetical protein  26.29 
 
 
631 aa  47  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.33724  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2008  hypothetical protein  47.5 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.574447  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2204  hypothetical protein  35.09 
 
 
409 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4937  hypothetical protein  27.66 
 
 
440 aa  44.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.760745  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3346  von Willebrand factor type A  32.76 
 
 
411 aa  43.9  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688988 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3028  hypothetical protein  23.64 
 
 
605 aa  43.9  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>