74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0292 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 343 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  87.46 
 
 		 342 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  86.88 
 
 		 342 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  71.35 
 
 		 342 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  68.42 
 
 		 342 aa  478  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  71.64 
 
 		 342 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  68.42 
 
 		 342 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  44.61 
 
 		 342 aa  252  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  43.57 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  43.6 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 		 342 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  40.69 
 
 		 340 aa  242  7.999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  43.31 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  43.64 
 
 		 343 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  40.7 
 
 		 388 aa  229  5e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  39.88 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  43.17 
 
 		 345 aa  225  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  38.15 
 
 		 347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 		 342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  39.02 
 
 		 345 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  35.94 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  36.6 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  34.39 
 
 		 347 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  34.97 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  34.1 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  33.04 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  33.33 
 
 		 350 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  35.99 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  31.71 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  32.44 
 
 		 334 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.44 
 
 		 350 aa  97.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  26.99 
 
 		 342 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  31.37 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  21.21 
 
 		 334 aa  79  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  28.32 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  30.42 
 
 		 342 aa  75.9  0.0000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  20.63 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  28.9 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  28.9 
 
 		 330 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  21.23 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  26.09 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  23.82 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.53 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  24.07 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  22.4 
 
 		 329 aa  57  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  23.03 
 
 		 329 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  25.76 
 
 		 330 aa  57  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  26.92 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  26.5 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0671  DNA polymerase III, delta subunit  23.91 
 
 		 339 aa  53.5  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00374825  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  26.44 
 
 		 343 aa  53.5  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1508  DNA polymerase III, delta subunit  25.34 
 
 		 339 aa  53.1  0.000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0182978  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  27.4 
 
 		 354 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  25.89 
 
 		 343 aa  51.6  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  26.07 
 
 		 344 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  22.45 
 
 		 351 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  22.11 
 
 		 345 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  22.11 
 
 		 345 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  24.23 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  22.11 
 
 		 351 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  28.37 
 
 		 315 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  22.47 
 
 		 332 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  26.46 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  21.4 
 
 		 343 aa  47.8  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  27.92 
 
 		 338 aa  47.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  23.7 
 
 		 334 aa  47.4  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  22.26 
 
 		 331 aa  45.8  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  24.21 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  21.52 
 
 		 343 aa  44.3  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1245  DNA polymerase III subunit delta  24.61 
 
 		 342 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.440133  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21151  DNA polymerase III subunit delta  23.53 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  22.61 
 
 		 324 aa  43.1  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  22.61 
 
 		 324 aa  43.1  0.008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  24.44 
 
 		 345 aa  42.7  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>