More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4440 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4440  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 140 aa  286  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0150272  normal  0.583895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2689  endoribonuclease, putative  61.79 
 
 		 123 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.331269  normal  0.266918 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1241  endoribonuclease L-PSP  56.69 
 
 		 130 aa  151  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.1674 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3063  endoribonuclease L-PSP  60.98 
 
 		 123 aa  150  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.256414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  56.1 
 
 		 125 aa  147  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0878  endoribonuclease L-PSP  55.74 
 
 		 127 aa  142  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001562  endoribonuclease L-PSP  55.28 
 
 		 132 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2129  endoribonuclease L-PSP  56.2 
 
 		 132 aa  139  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0901999  hitchhiker  0.00790244 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  54.92 
 
 		 129 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0812  endoribonuclease L-PSP  52.42 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05500  ribonuclease UK114  54.47 
 
 		 132 aa  133  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2169  endoribonuclease L-PSP  45.26 
 
 		 148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.237686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3155  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.303963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2281  translation initiation inhibitor  41.13 
 
 		 209 aa  101  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2973  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 130 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.242099  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1322  translation initiation inhibitor  41.94 
 
 		 130 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3098  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 130 aa  100  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.807928  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3089  endoribonuclease L-PSP  39.34 
 
 		 123 aa  93.2  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0979655 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 127 aa  92  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2075  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 		 128 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3741  endoribonuclease L-PSP  40.98 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2869  endoribonuclease L-PSP  42.16 
 
 		 119 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3496  endoribonuclease L-PSP  40.16 
 
 		 132 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.609638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2432  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2275  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4778  endoribonuclease L-PSP family protein  43 
 
 		 127 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  40.59 
 
 		 128 aa  80.1  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 125 aa  80.1  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  40.34 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  36.54 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2382  endoribonuclease L-PSP  45 
 
 		 126 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433224  hitchhiker  0.00030992 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5003  Endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.19378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1077  Endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0180844  normal  0.0247338 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  38.68 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4327  endoribonuclease L-PSP  42 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  36 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  34.82 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  34.82 
 
 		 125 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0997  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1155  endoribonuclease L-PSP family protein  35.43 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1582  endoribonuclease L-PSP  38.21 
 
 		 128 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3937  pyrimidine utilization protein C  35.2 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166806  normal  0.0174959 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  35.2 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  38.94 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.05 
 
 		 128 aa  70.9  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  32.46 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  35.09 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  33.65 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  33.65 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2055  Endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.120204 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1736  endoribonuclease L-PSP  36.59 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  34.38 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  42.86 
 
 		 126 aa  69.7  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  35 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  30.71 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  34.23 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4840  Endoribonuclease L-PSP  34.4 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  35.71 
 
 		 151 aa  69.3  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  33 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  36.29 
 
 		 126 aa  68.2  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  34.68 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  37.14 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  34.92 
 
 		 151 aa  67  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  39.64 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3980  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  38.1 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3521  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.757048  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  38.68 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  38.83 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  34.62 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  39.05 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1404  endoribonuclease L-PSP, putative  38.55 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6227  hypothetical protein  37.72 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.138993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  36.67 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  36.79 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3238  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 151 aa  65.5  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.635376 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2269  Endoribonuclease L-PSP  41.58 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  35.83 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2971  putative endoribonuclease L-PSP  37.35 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  32 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3069  putative endoribonuclease L-PSP  38.55 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.431949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1297  endoribonuclease L-PSP  38.55 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0602283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  32.14 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3079  putative endoribonuclease L-PSP  34.91 
 
 		 127 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  31.15 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  36.45 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  42.5 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>