More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1336 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  636    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  90.69 
 
 		 301 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  86.94 
 
 		 310 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  85.2 
 
 		 306 aa  513  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  85.2 
 
 		 306 aa  513  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  84.29 
 
 		 314 aa  503  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 326 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  84.29 
 
 		 331 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  83.76 
 
 		 314 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  79.62 
 
 		 314 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 313 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  78.98 
 
 		 314 aa  490  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  84.18 
 
 		 314 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 313 aa  474  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 		 313 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 312 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  74.32 
 
 		 304 aa  434  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  72.7 
 
 		 308 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 304 aa  419  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  70.59 
 
 		 308 aa  414  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 303 aa  394  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  70.65 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  64.04 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 303 aa  329  4e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  56.42 
 
 		 302 aa  328  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 296 aa  305  6e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 303 aa  295  8e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  50.86 
 
 		 317 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  49.81 
 
 		 277 aa  246  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 287 aa  196  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  65.31 
 
 		 151 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.01 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.5 
 
 		 300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  29.55 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  29.55 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  29.55 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.2 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.2 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.2 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  29.55 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  29.55 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  36.74 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>