More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0597 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
209 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2458  RNA polymerase sigma factor  55.92 
 
 
245 aa  224  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973834  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  57.98 
 
 
244 aa  224  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0909  RNA polymerase sigma factor  61.14 
 
 
275 aa  223  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1790  RNA polymerase sigma factor  55.71 
 
 
205 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.908716  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4251  RNA polymerase sigma factor  53.52 
 
 
207 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.668202  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  60.92 
 
 
213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  55.39 
 
 
213 aa  194  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  55.39 
 
 
211 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  55.39 
 
 
211 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1785  RNA polymerase sigma factor  62.42 
 
 
213 aa  188  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1813  RNA polymerase sigma factor  62.42 
 
 
213 aa  188  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53419  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1398  RNA polymerase sigma factor  58.86 
 
 
213 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566136  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1406  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18108  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2419  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2293  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.232222  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1170  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0354357  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2254  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.042776  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3410  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.307612  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1897  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
235 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225153  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2177  RNA polymerase sigma factor  59.24 
 
 
240 aa  175  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.525045  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02210  RNA polymerase sigma factor  60 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379603  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.91 
 
 
187 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.15 
 
 
202 aa  154  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0786  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.98 
 
 
199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.348422  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.43 
 
 
250 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1421  RNA polymerase sigma factor  47.02 
 
 
180 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000131779 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  40.8 
 
 
216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.6 
 
 
247 aa  125  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
184 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.405562  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4688  RNA polymerase sigma factor  43.21 
 
 
173 aa  125  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.204585  normal  0.116393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0390  RNA polymerase sigma factor  41.62 
 
 
180 aa  124  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.854256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2977  RNA polymerase sigma factor  42.76 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.318246  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1489  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.98 
 
 
212 aa  114  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.130695 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.55 
 
 
214 aa  114  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2378  sigma-24 (FecI-like)  38.42 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294545  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.68 
 
 
191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1486  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.42 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.295747  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.69 
 
 
209 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.14 
 
 
199 aa  107  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
211 aa  106  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
209 aa  106  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.24 
 
 
220 aa  106  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.299796  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.76 
 
 
246 aa  105  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.52 
 
 
209 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
209 aa  103  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3525  RNA polymerase sigma-70 factor  36.69 
 
 
295 aa  103  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.05 
 
 
204 aa  102  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1778  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.18 
 
 
248 aa  101  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667573 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30730  RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  34.2 
 
 
216 aa  100  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.159272  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
209 aa  100  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5189  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.2 
 
 
263 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0679696  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.31 
 
 
233 aa  99.8  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.52 
 
 
215 aa  99  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6292  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.69 
 
 
219 aa  97.8  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2628  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.84 
 
 
204 aa  98.2  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  37.28 
 
 
187 aa  98.2  9e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4689  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.16 
 
 
252 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0439737  normal  0.0420679 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1408  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.47 
 
 
209 aa  97.8  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.21 
 
 
223 aa  97.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.68 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1706  sigma-70 region 2 domain-containing protein  36.09 
 
 
217 aa  96.7  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.315479  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1413  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
237 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.491366  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
237 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.78 
 
 
240 aa  96.3  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.76 
 
 
237 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0562007  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2297  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.43 
 
 
215 aa  96.3  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13250  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
255 aa  95.9  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.787212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7737  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.02 
 
 
255 aa  95.5  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18570  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  36.14 
 
 
217 aa  95.1  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108313  normal  0.853054 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4190  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.22 
 
 
249 aa  94.7  9e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.377119  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.43 
 
 
194 aa  94.7  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.55 
 
 
200 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  34.48 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.59 
 
 
205 aa  92.8  3e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
268 aa  92.8  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1209  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.5 
 
 
270 aa  92.8  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.21 
 
 
193 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.21 
 
 
193 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.21 
 
 
193 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.21 
 
 
193 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.47 
 
 
201 aa  91.7  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.36 
 
 
203 aa  91.7  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.91 
 
 
192 aa  91.7  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.63 
 
 
193 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.42 
 
 
201 aa  91.3  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07700  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, TIGR02947 family  35.09 
 
 
238 aa  90.9  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.044969  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.13 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.34 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.93 
 
 
224 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  34.73 
 
 
200 aa  90.5  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.88 
 
 
256 aa  89.4  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.63 
 
 
193 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.67 
 
 
211 aa  89.4  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.91 
 
 
192 aa  89.4  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  36.84 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.84 
 
 
193 aa  89  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  32 
 
 
192 aa  88.6  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.94 
 
 
200 aa  88.6  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>