More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1136 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
358 aa  752    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.29 
 
 
354 aa  540  9.999999999999999e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.94 
 
 
353 aa  427  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.82 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.51 
 
 
355 aa  417  9.999999999999999e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.94 
 
 
358 aa  410  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.81 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.77 
 
 
357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.65 
 
 
357 aa  402  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.78 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.69 
 
 
354 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.83 
 
 
352 aa  395  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.82 
 
 
357 aa  385  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.97 
 
 
357 aa  365  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.12 
 
 
357 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.13 
 
 
369 aa  270  2.9999999999999997e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2951  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
341 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519478  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
339 aa  172  7.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
339 aa  159  9e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
341 aa  152  7e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.24 
 
 
369 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 
345 aa  149  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
339 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
367 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  32.73 
 
 
338 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
373 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
354 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
342 aa  136  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
352 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
680 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
367 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
672 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
669 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
672 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
354 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
364 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  30.55 
 
 
338 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
363 aa  125  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
363 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.53 
 
 
355 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
351 aa  123  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
342 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
352 aa  119  7.999999999999999e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2888  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.79 
 
 
309 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
353 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.08 
 
 
685 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
355 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
684 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.41 
 
 
371 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.05 
 
 
334 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.24 
 
 
359 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1222  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  30.09 
 
 
348 aa  103  4e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
348 aa  103  5e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.61 
 
 
365 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
322 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.49 
 
 
361 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.86 
 
 
356 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.37 
 
 
359 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2382  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.5 
 
 
331 aa  99.8  6e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.407349  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0204  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.32 
 
 
350 aa  99.8  7e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.98 
 
 
356 aa  99.8  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
360 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  29.32 
 
 
360 aa  99  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1421  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.91 
 
 
345 aa  99  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.829571  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.77 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.610294  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.7 
 
 
362 aa  98.2  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0850  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  24.79 
 
 
301 aa  97.8  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0236559  normal  0.21941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.54 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.68 
 
 
365 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
321 aa  97.4  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
355 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  26.69 
 
 
355 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
355 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.57 
 
 
358 aa  96.7  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.09 
 
 
342 aa  96.7  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
305 aa  96.7  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
355 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  28.62 
 
 
361 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  28.62 
 
 
361 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.44 
 
 
353 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.6 
 
 
353 aa  96.3  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
326 aa  96.3  8e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
306 aa  95.9  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.83 
 
 
355 aa  95.9  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.66 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.61 
 
 
361 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
299 aa  95.9  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>