More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3888 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
373 aa  761    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.85 
 
 
680 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.41 
 
 
367 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.11 
 
 
672 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.64 
 
 
672 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.62 
 
 
669 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.31 
 
 
354 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.27 
 
 
368 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.45 
 
 
367 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.3 
 
 
363 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.98 
 
 
363 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.71 
 
 
364 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.82 
 
 
363 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
352 aa  351  1e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
352 aa  349  4e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.29 
 
 
352 aa  348  6e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.86 
 
 
685 aa  348  8e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
684 aa  340  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.27 
 
 
339 aa  339  4e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.15 
 
 
354 aa  336  5e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.86 
 
 
369 aa  291  9e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.53 
 
 
341 aa  275  7e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  44.57 
 
 
338 aa  268  1e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.35 
 
 
339 aa  257  2e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  42.43 
 
 
338 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
345 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
339 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.48 
 
 
342 aa  247  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.32 
 
 
355 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.94 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
351 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
333 aa  171  1e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.06 
 
 
353 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.23 
 
 
355 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.8 
 
 
346 aa  156  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
355 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.78 
 
 
360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
306 aa  153  4e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
358 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
335 aa  150  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
353 aa  151  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
313 aa  151  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
355 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
354 aa  149  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
331 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
296 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
309 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
329 aa  146  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.24 
 
 
362 aa  145  9e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
355 aa  145  9e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
309 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  32.73 
 
 
302 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
310 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.94 
 
 
372 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
292 aa  143  4e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
354 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.74 
 
 
317 aa  143  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.58 
 
 
356 aa  143  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.03 
 
 
326 aa  143  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
314 aa  142  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
302 aa  142  8e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
311 aa  142  9e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
314 aa  142  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.17 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.25 
 
 
354 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5789  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.83 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0435819 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.29 
 
 
354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.36 
 
 
352 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
327 aa  139  6e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.15 
 
 
303 aa  139  7e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
357 aa  139  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.61 
 
 
342 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.02 
 
 
353 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.2 
 
 
354 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.56 
 
 
353 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
304 aa  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
353 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.81 
 
 
353 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
314 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
373 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
312 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
316 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.32 
 
 
361 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
357 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30 
 
 
360 aa  137  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
352 aa  137  4e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.75 
 
 
356 aa  137  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
310 aa  137  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
329 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>