120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2951 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2951  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
341 aa  679    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519478  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.29 
 
 
357 aa  256  6e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.72 
 
 
357 aa  252  6e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.75 
 
 
358 aa  242  7.999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
357 aa  238  6.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
352 aa  220  3.9999999999999997e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
354 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
360 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
353 aa  206  4e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.85 
 
 
354 aa  205  8e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.4 
 
 
355 aa  205  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
358 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
354 aa  177  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
357 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
353 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
357 aa  168  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.72 
 
 
369 aa  100  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
339 aa  90.9  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 
354 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
353 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.3 
 
 
369 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
355 aa  71.6  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
352 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
352 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
352 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.86 
 
 
339 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 
367 aa  67.8  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.51 
 
 
353 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 
368 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 
355 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
342 aa  63.9  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
345 aa  62.8  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
352 aa  62  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
669 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 
680 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  26.54 
 
 
338 aa  59.3  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
355 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
672 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.16 
 
 
355 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
685 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
339 aa  57.4  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
373 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.18 
 
 
363 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
672 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.93 
 
 
353 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.87 
 
 
684 aa  54.3  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
285 aa  52.8  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  24.28 
 
 
338 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.78 
 
 
371 aa  52  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
363 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.56 
 
 
355 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.91 
 
 
355 aa  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  24.28 
 
 
375 aa  50.4  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
325 aa  50.4  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.09 
 
 
355 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.09 
 
 
355 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.39 
 
 
330 aa  50.4  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.34 
 
 
359 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.09 
 
 
355 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.78 
 
 
354 aa  50.1  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.58 
 
 
355 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  26.58 
 
 
355 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.58 
 
 
355 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.99 
 
 
359 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2289  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
351 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3990  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
355 aa  48.9  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
344 aa  48.5  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.92 
 
 
356 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.96 
 
 
363 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.55 
 
 
337 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.99 
 
 
359 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  24.57 
 
 
359 aa  47.8  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  23.51 
 
 
365 aa  47.8  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
355 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
355 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
355 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
355 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 
363 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  25.65 
 
 
360 aa  47.4  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
364 aa  47  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0624  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.66 
 
 
365 aa  46.6  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0728968 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.83 
 
 
356 aa  46.6  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.449381  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.86 
 
 
356 aa  46.2  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
388 aa  46.2  0.0008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.39 
 
 
318 aa  46.2  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3167  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.75 
 
 
343 aa  45.8  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  23.08 
 
 
337 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0165  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.5 
 
 
355 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.183737  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.15 
 
 
362 aa  45.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.24 
 
 
363 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
316 aa  45.1  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.36 
 
 
355 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
339 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  23.08 
 
 
337 aa  44.7  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>