More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3699 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
353 aa  732    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.29 
 
 
358 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.95 
 
 
354 aa  429  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.74 
 
 
355 aa  419  1e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.11 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.16 
 
 
358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.41 
 
 
360 aa  399  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.69 
 
 
352 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
357 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.43 
 
 
357 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
357 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.35 
 
 
357 aa  386  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.23 
 
 
354 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.23 
 
 
354 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.57 
 
 
357 aa  370  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.57 
 
 
357 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.11 
 
 
369 aa  250  3e-65  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2951  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519478  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
339 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.06 
 
 
373 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
369 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
354 aa  160  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.3 
 
 
341 aa  159  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
680 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
367 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
367 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
339 aa  153  5e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.47 
 
 
354 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  33.04 
 
 
338 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.4 
 
 
368 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
345 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
672 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
352 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.89 
 
 
352 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
352 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
672 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.08 
 
 
355 aa  145  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.14 
 
 
342 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  34.15 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
339 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
363 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
363 aa  135  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.96 
 
 
342 aa  134  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
669 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.37 
 
 
363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 
364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.05 
 
 
685 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
355 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
684 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.49 
 
 
355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.61 
 
 
353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.05 
 
 
365 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.35 
 
 
371 aa  105  8e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
324 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.11 
 
 
365 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.19 
 
 
359 aa  105  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.96 
 
 
356 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.92 
 
 
355 aa  102  9e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.74 
 
 
353 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.7 
 
 
352 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  25.9 
 
 
359 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.47 
 
 
358 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.15 
 
 
359 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.16 
 
 
361 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.38 
 
 
350 aa  97.8  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.16 
 
 
361 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.8 
 
 
355 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  27.75 
 
 
363 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  27.75 
 
 
363 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.16 
 
 
361 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.69 
 
 
358 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.75 
 
 
355 aa  97.8  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.43 
 
 
361 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
355 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.75 
 
 
355 aa  97.8  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.46 
 
 
360 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.91 
 
 
360 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.6 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.28 
 
 
361 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  27.17 
 
 
355 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.38 
 
 
362 aa  96.7  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0304  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
345 aa  97.1  5e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.92366  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.55 
 
 
350 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.57 
 
 
345 aa  96.7  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.65 
 
 
355 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27 
 
 
356 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
323 aa  96.3  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
355 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1471  nucleotide sugar epimerase  29.19 
 
 
323 aa  95.9  8e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.97 
 
 
361 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.8 
 
 
361 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.61 
 
 
357 aa  95.9  9e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.564792  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
310 aa  95.9  9e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>