More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2428 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  100 
 
 
338 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.88 
 
 
345 aa  485  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  69.73 
 
 
338 aa  476  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.44 
 
 
342 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.58 
 
 
339 aa  424  1e-117  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.28 
 
 
341 aa  416  9.999999999999999e-116  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.16 
 
 
339 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.02 
 
 
355 aa  342  5e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.13 
 
 
339 aa  291  9e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.43 
 
 
373 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.84 
 
 
352 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.54 
 
 
352 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.54 
 
 
352 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.47 
 
 
368 aa  265  7e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.06 
 
 
367 aa  265  8e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.06 
 
 
672 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
367 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
680 aa  262  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.76 
 
 
672 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.75 
 
 
369 aa  260  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.06 
 
 
669 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.03 
 
 
684 aa  256  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.03 
 
 
685 aa  255  8e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.3 
 
 
354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.76 
 
 
354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.82 
 
 
363 aa  243  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.4 
 
 
363 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.3 
 
 
364 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.6 
 
 
363 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
342 aa  177  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.86 
 
 
351 aa  172  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
355 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
369 aa  158  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
306 aa  154  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
353 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
353 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
313 aa  146  5e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
309 aa  146  6e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.17 
 
 
355 aa  144  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
333 aa  144  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
358 aa  144  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.4 
 
 
352 aa  142  9e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
352 aa  142  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
353 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.43 
 
 
361 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.43 
 
 
361 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.43 
 
 
361 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.75 
 
 
351 aa  139  7e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
362 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 
292 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
310 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
292 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.14 
 
 
361 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
302 aa  137  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
325 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.88 
 
 
318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.53 
 
 
342 aa  137  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.92 
 
 
358 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  28.98 
 
 
361 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  28.98 
 
 
361 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
304 aa  135  7.000000000000001e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.92 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  30.95 
 
 
326 aa  135  8e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.29 
 
 
360 aa  135  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.12 
 
 
346 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.14 
 
 
361 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.69 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4912  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.91 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.949701  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.14 
 
 
361 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.77 
 
 
357 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
310 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
316 aa  134  3e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
329 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
312 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.3 
 
 
355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.3 
 
 
355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.98 
 
 
362 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 
360 aa  133  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  29.33 
 
 
363 aa  132  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  29.33 
 
 
363 aa  132  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  31.36 
 
 
360 aa  132  6.999999999999999e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.21 
 
 
336 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
327 aa  132  9e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.3 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.08 
 
 
361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.88 
 
 
323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.97 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.88 
 
 
322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.02 
 
 
351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.53 
 
 
358 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>