More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2537 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.46 
 
 
672 aa  643    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.2 
 
 
684 aa  1346    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
685 aa  1413    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
672 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.08 
 
 
680 aa  631  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.62 
 
 
669 aa  631  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 
352 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.97 
 
 
354 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 
352 aa  371  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.7 
 
 
352 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.86 
 
 
373 aa  358  9.999999999999999e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.87 
 
 
367 aa  348  3e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.56 
 
 
368 aa  346  8e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.65 
 
 
354 aa  346  8.999999999999999e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.12 
 
 
363 aa  339  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.73 
 
 
367 aa  338  2.9999999999999997e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.21 
 
 
363 aa  331  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.74 
 
 
364 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.98 
 
 
363 aa  326  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.02 
 
 
339 aa  317  5e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.93 
 
 
369 aa  314  3.9999999999999997e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.52 
 
 
341 aa  256  8e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.83 
 
 
339 aa  256  1.0000000000000001e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  43.03 
 
 
338 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
339 aa  249  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  42.18 
 
 
338 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
342 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
345 aa  240  8e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.39 
 
 
355 aa  237  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.78 
 
 
342 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.82 
 
 
351 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.97 
 
 
356 aa  164  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
333 aa  160  6e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
309 aa  159  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
355 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.84 
 
 
312 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
309 aa  157  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.78 
 
 
354 aa  154  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.87 
 
 
354 aa  151  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
309 aa  150  7e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1010  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.64 
 
 
349 aa  150  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.626547  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
310 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
352 aa  150  1.0000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.91 
 
 
355 aa  150  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
313 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
309 aa  148  3e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
328 aa  148  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.98 
 
 
312 aa  148  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
360 aa  147  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
310 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.14 
 
 
362 aa  147  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.93 
 
 
355 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
310 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.65 
 
 
355 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
345 aa  146  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
310 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.07 
 
 
322 aa  145  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
312 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.24 
 
 
345 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.47 
 
 
323 aa  145  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.77 
 
 
322 aa  145  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.07 
 
 
322 aa  145  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.73 
 
 
350 aa  145  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.49 
 
 
351 aa  145  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.97 
 
 
348 aa  145  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.36 
 
 
342 aa  144  4e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
306 aa  144  4e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.57 
 
 
346 aa  144  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
303 aa  144  6e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.67 
 
 
372 aa  144  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
322 aa  143  8e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.47 
 
 
323 aa  144  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  143  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.94 
 
 
358 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.47 
 
 
322 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 
327 aa  143  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
292 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.13 
 
 
357 aa  143  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.46 
 
 
355 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.52 
 
 
358 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.16 
 
 
350 aa  142  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.61 
 
 
364 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
306 aa  142  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
322 aa  142  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
322 aa  142  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.35 
 
 
341 aa  141  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.75 
 
 
367 aa  142  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.52 
 
 
355 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.52 
 
 
355 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.14 
 
 
351 aa  141  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.83 
 
 
351 aa  141  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.93 
 
 
363 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
353 aa  141  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.94 
 
 
310 aa  140  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
353 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.25 
 
 
360 aa  140  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
334 aa  140  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.245783 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.05 
 
 
353 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.7 
 
 
353 aa  140  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>