More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1270 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.76 
 
 
367 aa  667    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
368 aa  728    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.14 
 
 
363 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  77.66 
 
 
363 aa  533  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.35 
 
 
354 aa  495  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.61 
 
 
363 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.34 
 
 
364 aa  421  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.49 
 
 
680 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.28 
 
 
672 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.27 
 
 
373 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.44 
 
 
672 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.84 
 
 
669 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.86 
 
 
367 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.31 
 
 
352 aa  350  2e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 
352 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.01 
 
 
352 aa  349  4e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.56 
 
 
685 aa  340  2e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.28 
 
 
684 aa  333  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.47 
 
 
354 aa  332  4e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.43 
 
 
339 aa  332  9e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
369 aa  288  9e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.53 
 
 
341 aa  263  4e-69  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  40.47 
 
 
338 aa  259  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.41 
 
 
339 aa  258  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
345 aa  255  8e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  40.94 
 
 
338 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.83 
 
 
339 aa  249  7e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.63 
 
 
342 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.2 
 
 
355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.61 
 
 
351 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.13 
 
 
342 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.92 
 
 
306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
352 aa  159  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
312 aa  152  8e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.92 
 
 
328 aa  151  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.4 
 
 
353 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
355 aa  150  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.08 
 
 
325 aa  149  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
309 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.95 
 
 
310 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.49 
 
 
317 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.74 
 
 
309 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
314 aa  146  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
310 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
321 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.53 
 
 
316 aa  145  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
309 aa  145  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.49 
 
 
310 aa  145  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
355 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.16 
 
 
318 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
313 aa  144  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
309 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.93 
 
 
310 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
353 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.48 
 
 
355 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
353 aa  142  7e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.19 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  32.84 
 
 
326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.17 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
310 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
310 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.1 
 
 
351 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
328 aa  139  7.999999999999999e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
314 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
355 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.41 
 
 
353 aa  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.84 
 
 
356 aa  137  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.72 
 
 
353 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
357 aa  136  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
311 aa  136  5e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.13 
 
 
353 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.13 
 
 
353 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.83 
 
 
309 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
360 aa  135  9e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.44 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646368 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  32.34 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.86 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  36.15 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.69 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
357 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.86 
 
 
351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  35.16 
 
 
345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.84 
 
 
353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.31 
 
 
361 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.28 
 
 
397 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
337 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169098 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.02 
 
 
346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
388 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>