More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1684 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
684 aa  1414    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
672 aa  637    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
672 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.2 
 
 
685 aa  1345    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.01 
 
 
669 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.15 
 
 
680 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.5 
 
 
352 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.22 
 
 
354 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.5 
 
 
352 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.19 
 
 
352 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
373 aa  350  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.44 
 
 
367 aa  342  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.43 
 
 
354 aa  340  4e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.28 
 
 
368 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.64 
 
 
363 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.57 
 
 
367 aa  332  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.04 
 
 
363 aa  326  8.000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.35 
 
 
363 aa  325  1e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
364 aa  324  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.13 
 
 
339 aa  312  2e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.45 
 
 
369 aa  308  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  43.03 
 
 
338 aa  255  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.35 
 
 
341 aa  253  6e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.05 
 
 
339 aa  246  9.999999999999999e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  41 
 
 
338 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
339 aa  243  6e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
345 aa  238  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
342 aa  233  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.24 
 
 
355 aa  231  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.49 
 
 
342 aa  204  3e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 
351 aa  202  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
309 aa  162  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.33 
 
 
356 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.84 
 
 
312 aa  160  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
309 aa  156  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
313 aa  153  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
309 aa  152  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
333 aa  151  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.51 
 
 
354 aa  151  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
309 aa  150  6e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
314 aa  150  7e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.74 
 
 
334 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.245783 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
312 aa  148  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
360 aa  148  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.58 
 
 
354 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
310 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
355 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1010  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.84 
 
 
349 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.626547  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.67 
 
 
372 aa  147  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
292 aa  146  1e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
355 aa  146  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
303 aa  146  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
328 aa  145  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.32 
 
 
362 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
325 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
314 aa  145  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.78 
 
 
327 aa  144  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
345 aa  144  7e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
312 aa  144  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
302 aa  144  7e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.65 
 
 
355 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
352 aa  144  8e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.2 
 
 
351 aa  143  9e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
310 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.16 
 
 
323 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.37 
 
 
355 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
310 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.82 
 
 
318 aa  143  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
310 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30 
 
 
350 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
355 aa  141  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
311 aa  142  3e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
311 aa  141  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.45 
 
 
322 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.66 
 
 
358 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  30.47 
 
 
326 aa  141  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.13 
 
 
357 aa  141  3.9999999999999997e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.48 
 
 
367 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.16 
 
 
323 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.78 
 
 
342 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.16 
 
 
322 aa  141  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.45 
 
 
322 aa  141  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
306 aa  141  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
314 aa  140  6e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
296 aa  140  6e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.95 
 
 
345 aa  140  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
317 aa  140  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.06 
 
 
364 aa  140  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.14 
 
 
354 aa  140  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.53 
 
 
323 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
292 aa  140  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
307 aa  140  8.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.56 
 
 
322 aa  139  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.11 
 
 
356 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.68 
 
 
354 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
314 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.86 
 
 
322 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.11 
 
 
348 aa  140  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.99 
 
 
353 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>