More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0519 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.46 
 
 
685 aa  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.35 
 
 
680 aa  961    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
672 aa  1352    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  97.62 
 
 
672 aa  1296    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.24 
 
 
669 aa  1190    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
684 aa  635    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.11 
 
 
373 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.32 
 
 
367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.18 
 
 
354 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.28 
 
 
368 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.27 
 
 
367 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.94 
 
 
363 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.06 
 
 
363 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.34 
 
 
364 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.69 
 
 
363 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.63 
 
 
352 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.02 
 
 
352 aa  339  9e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.72 
 
 
352 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.3 
 
 
354 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.81 
 
 
339 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.53 
 
 
369 aa  275  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  42.52 
 
 
338 aa  254  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.76 
 
 
341 aa  253  9.000000000000001e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
339 aa  251  4e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  41.94 
 
 
338 aa  248  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.59 
 
 
339 aa  246  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.85 
 
 
355 aa  240  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.86 
 
 
345 aa  240  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.94 
 
 
342 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
342 aa  199  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
351 aa  177  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
369 aa  162  3e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
333 aa  158  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
355 aa  157  9e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
306 aa  155  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
353 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.63 
 
 
317 aa  148  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3365  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.94 
 
 
335 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
329 aa  146  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
309 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
328 aa  146  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 
310 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
321 aa  144  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.74 
 
 
309 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
360 aa  141  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
310 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.47 
 
 
310 aa  140  7e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
309 aa  140  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
306 aa  140  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
310 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
310 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
329 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
327 aa  139  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
302 aa  139  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
353 aa  138  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
337 aa  138  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169098 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
353 aa  138  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
312 aa  137  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.84 
 
 
310 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.83 
 
 
356 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  39.87 
 
 
309 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3869  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
335 aa  137  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.629775  normal  0.828763 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  31.14 
 
 
326 aa  137  9e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
355 aa  137  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
334 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.387989  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  32.14 
 
 
302 aa  136  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
357 aa  135  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
358 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  40.07 
 
 
309 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
328 aa  134  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.75 
 
 
336 aa  134  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29 
 
 
318 aa  134  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
354 aa  134  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.85 
 
 
314 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
358 aa  133  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
309 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
314 aa  133  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
312 aa  133  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
313 aa  133  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
357 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
296 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
292 aa  132  3e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.06 
 
 
355 aa  132  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.75 
 
 
336 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
332 aa  131  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.299125 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
303 aa  132  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
316 aa  131  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
372 aa  132  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.63 
 
 
331 aa  131  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.75 
 
 
336 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
306 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
352 aa  131  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.68 
 
 
357 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
323 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.57 
 
 
323 aa  130  7.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.82 
 
 
336 aa  130  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.77 
 
 
321 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
353 aa  130  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.43 
 
 
323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>