More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3786 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
345 aa  719    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.83 
 
 
342 aa  533  1e-150  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  70.88 
 
 
338 aa  485  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  67.95 
 
 
338 aa  475  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.83 
 
 
339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.13 
 
 
339 aa  442  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.77 
 
 
341 aa  424  1e-117  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.75 
 
 
355 aa  351  1e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.83 
 
 
339 aa  309  5e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
352 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.32 
 
 
369 aa  268  8.999999999999999e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.12 
 
 
352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
373 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.4 
 
 
354 aa  266  4e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.44 
 
 
367 aa  266  4e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
368 aa  265  7e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.7 
 
 
680 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.86 
 
 
367 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.53 
 
 
352 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.48 
 
 
363 aa  253  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.15 
 
 
672 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.21 
 
 
363 aa  248  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.82 
 
 
669 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.27 
 
 
363 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.86 
 
 
672 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.41 
 
 
685 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.11 
 
 
364 aa  243  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
684 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.35 
 
 
354 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
342 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.39 
 
 
351 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
369 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 
358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.64 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.97 
 
 
353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
309 aa  164  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
355 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
352 aa  160  3e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.73 
 
 
361 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.86 
 
 
353 aa  160  4e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.73 
 
 
361 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
306 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.73 
 
 
361 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.73 
 
 
361 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  31.75 
 
 
363 aa  159  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  31.75 
 
 
363 aa  159  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.77 
 
 
360 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.05 
 
 
358 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.44 
 
 
361 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
333 aa  156  4e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.73 
 
 
357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
302 aa  156  6e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.52 
 
 
342 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.53 
 
 
361 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  30.4 
 
 
361 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  30.4 
 
 
361 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.5 
 
 
358 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.73 
 
 
361 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.68 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
360 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.68 
 
 
359 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.44 
 
 
361 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.97 
 
 
361 aa  151  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  32.15 
 
 
326 aa  152  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.62 
 
 
360 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.6 
 
 
353 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
358 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
310 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.26 
 
 
358 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  31.53 
 
 
359 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.11 
 
 
359 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.14 
 
 
349 aa  150  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.83 
 
 
362 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.37 
 
 
355 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
292 aa  149  7e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
353 aa  149  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.97 
 
 
365 aa  149  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.35 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.4 
 
 
360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.99 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.99 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  30.99 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
352 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.68 
 
 
359 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.49 
 
 
349 aa  147  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.9 
 
 
352 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.06 
 
 
349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
355 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.06 
 
 
349 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
355 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
355 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.27 
 
 
355 aa  146  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.23 
 
 
357 aa  145  7.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
310 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.88 
 
 
329 aa  145  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>