More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4399 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
353 aa  724    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83 
 
 
353 aa  621  1e-177  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.81 
 
 
352 aa  444  1e-123  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.26 
 
 
355 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  54.83 
 
 
355 aa  422  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.57 
 
 
355 aa  367  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3990  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.27 
 
 
355 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  32.77 
 
 
338 aa  157  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
339 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.86 
 
 
345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
342 aa  146  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
341 aa  145  1e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
367 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
368 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  31.82 
 
 
338 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.75 
 
 
363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
352 aa  135  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
680 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.82 
 
 
362 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
369 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
352 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
358 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
364 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
352 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
351 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
354 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
352 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
354 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
373 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
354 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
672 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
363 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.97 
 
 
312 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.36 
 
 
672 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
669 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.09 
 
 
342 aa  119  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
357 aa  119  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.29 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.9 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.01 
 
 
318 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
354 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.29 
 
 
342 aa  117  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
315 aa  116  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
363 aa  116  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.61 
 
 
307 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.96 
 
 
338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
357 aa  112  8.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.41 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
684 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
355 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.64 
 
 
331 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
354 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.61 
 
 
330 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5840  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.9 
 
 
352 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.481427 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.73 
 
 
329 aa  107  3e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.37 
 
 
327 aa  107  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2097  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.84 
 
 
347 aa  106  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.44 
 
 
349 aa  106  6e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.17 
 
 
348 aa  105  9e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.15 
 
 
339 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.74 
 
 
357 aa  105  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.15 
 
 
354 aa  104  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.97 
 
 
337 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.09 
 
 
320 aa  104  3e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.45 
 
 
357 aa  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.75 
 
 
352 aa  102  7e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1222  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  26.33 
 
 
348 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.73 
 
 
357 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
314 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.1 
 
 
350 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.37 
 
 
354 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
313 aa  100  4e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.7 
 
 
350 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.35 
 
 
352 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
322 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.03 
 
 
348 aa  99.8  6e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
322 aa  99.8  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.25 
 
 
350 aa  99.4  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.87 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.82 
 
 
322 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3431  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.81 
 
 
337 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.54 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.35 
 
 
362 aa  98.2  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.3 
 
 
330 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.54 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0204  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.53 
 
 
350 aa  98.2  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  26.14 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>