More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3986 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
354 aa  743    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.29 
 
 
358 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.707519  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3699  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.95 
 
 
353 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.682682  normal  0.543496 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2646  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.73 
 
 
355 aa  404  1e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.08 
 
 
360 aa  385  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0627905  normal  0.238924 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.04 
 
 
353 aa  384  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659255 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0259  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.43 
 
 
357 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.75 
 
 
354 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  0.556859 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3530  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.8 
 
 
358 aa  375  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.229301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.49 
 
 
354 aa  374  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.261657  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.84 
 
 
357 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.154298  normal  0.138657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.54 
 
 
357 aa  374  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.84 
 
 
357 aa  372  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.478962  normal  0.798779 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2871  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.35 
 
 
352 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0630235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.99 
 
 
357 aa  355  7.999999999999999e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.58 
 
 
357 aa  343  2e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0865438  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1767  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
369 aa  233  5e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0216648  normal  0.868455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2951  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
341 aa  169  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519478  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2762  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.08 
 
 
339 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
373 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00197458  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0389  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
341 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
680 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.144128 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.08 
 
 
354 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
369 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.437184  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
669 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0960663 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0519  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.96 
 
 
672 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.812808  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.82 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
368 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.329626 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.73 
 
 
672 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.052836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
345 aa  125  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
355 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0250  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
363 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
363 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.973232  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
363 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.568981  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3352  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.97 
 
 
355 aa  119  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.133016 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
352 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
364 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0770236  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0777  dNTP-hexose dehydratase/epimerase  30.42 
 
 
338 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.955272  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
353 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
339 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336676  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1061  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
352 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.808093  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.09 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0520  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1120  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0108801  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.32 
 
 
360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.89 
 
 
359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
684 aa  113  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.155843  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0680968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.03 
 
 
356 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.22 
 
 
361 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  30.33 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.97 
 
 
361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2537  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
685 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121125 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2428  CDP-paratose 2-epimerase  29.89 
 
 
338 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.597931  hitchhiker  0.000207654 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
342 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.57 
 
 
358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.78 
 
 
361 aa  110  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.48 
 
 
365 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.89 
 
 
358 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.09 
 
 
356 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
342 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
352 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.000159776  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.35 
 
 
359 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.51 
 
 
361 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.26 
 
 
363 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  29.32 
 
 
365 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.18 
 
 
358 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  27.67 
 
 
362 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2859  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.51 
 
 
354 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0536365  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.61 
 
 
375 aa  106  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2975  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.23 
 
 
353 aa  105  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.316579 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  28.53 
 
 
361 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  29.01 
 
 
363 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  28.53 
 
 
361 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3554  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.26 
 
 
355 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.110317  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  29.01 
 
 
363 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.75 
 
 
357 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.77 
 
 
361 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2379  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.57 
 
 
349 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.577133  hitchhiker  0.00102073 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.77 
 
 
361 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.26 
 
 
359 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.77 
 
 
361 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.77 
 
 
361 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  28.77 
 
 
361 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.53 
 
 
367 aa  103  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.26 
 
 
355 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.34 
 
 
352 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4298  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
355 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.942852  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.78 
 
 
358 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2352  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.34 
 
 
352 aa  102  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.14 
 
 
367 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.06 
 
 
349 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.78 
 
 
353 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.02 
 
 
354 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3990  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.45 
 
 
355 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.77 
 
 
360 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.06 
 
 
349 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>