More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4662 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4662  PAS  100 
 
 
145 aa  296  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  74.48 
 
 
143 aa  233  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  72.66 
 
 
143 aa  222  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  73.38 
 
 
143 aa  221  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  69.44 
 
 
152 aa  212  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  65.47 
 
 
143 aa  202  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  68.12 
 
 
149 aa  201  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  67.39 
 
 
149 aa  200  6e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  62.68 
 
 
145 aa  198  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  65.94 
 
 
149 aa  197  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  63.38 
 
 
148 aa  196  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  64.96 
 
 
142 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  61.59 
 
 
142 aa  187  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  61.15 
 
 
143 aa  184  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  63.36 
 
 
157 aa  179  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  52.9 
 
 
146 aa  158  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  52.27 
 
 
145 aa  156  9e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  54.81 
 
 
144 aa  156  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  55.56 
 
 
144 aa  155  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  55.56 
 
 
144 aa  155  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  52.21 
 
 
141 aa  149  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  58.77 
 
 
141 aa  147  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  50.36 
 
 
151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  48.15 
 
 
147 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  51.13 
 
 
144 aa  144  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  48.87 
 
 
145 aa  144  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  47.76 
 
 
147 aa  144  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  51.94 
 
 
149 aa  142  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  50 
 
 
151 aa  142  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  48.85 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  48.12 
 
 
144 aa  136  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  48.51 
 
 
141 aa  135  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  47.33 
 
 
158 aa  135  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  47.76 
 
 
141 aa  133  8e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  42.98 
 
 
139 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  40.46 
 
 
143 aa  94.7  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 
1721 aa  84  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  35.88 
 
 
1154 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  38.52 
 
 
692 aa  75.9  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
1374 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  34.85 
 
 
1969 aa  74.3  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  32.59 
 
 
1589 aa  73.2  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 
857 aa  72.4  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
620 aa  72  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  31.5 
 
 
947 aa  71.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
851 aa  70.1  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
695 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.09 
 
 
648 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
713 aa  68.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  32 
 
 
732 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  32.2 
 
 
684 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.85 
 
 
458 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4297  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
347 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
705 aa  67.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
568 aa  67.4  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
1171 aa  67.4  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 
698 aa  67.8  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  31.11 
 
 
452 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0431  putative PAS/PAC sensor protein  54.39 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00281975  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
904 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.71 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
884 aa  66.6  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1248  sensory box histidine kinase/response regulator  32.06 
 
 
687 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535727  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.3 
 
 
898 aa  66.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 
693 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 
398 aa  66.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.81 
 
 
693 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  34.81 
 
 
693 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1426 aa  66.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  29.29 
 
 
965 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.19 
 
 
393 aa  65.1  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
807 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.309689  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  32.26 
 
 
771 aa  64.7  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.06 
 
 
921 aa  64.7  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
807 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
368 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
778 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
1568 aa  64.7  0.0000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1548 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
634 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1633  sensory box histidine kinase  31.3 
 
 
680 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736823  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1550  sensory box histidine kinase  31.3 
 
 
680 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.07 
 
 
740 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0126  sensory box histidine kinase/response regulator  31.3 
 
 
619 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.799989  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
1007 aa  64.3  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.66 
 
 
960 aa  63.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 
1313 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1629 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 
446 aa  63.5  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 
718 aa  63.5  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1085 aa  63.5  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1625 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1620  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.5 
 
 
927 aa  63.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
1000 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1629 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
484 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
713 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
573 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
728 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  30.88 
 
 
488 aa  63.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>