85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3389 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3389  hypothetical protein  100 
 
 		 182 aa  357  6e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3278  thioesterase superfamily protein  77.27 
 
 		 144 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3600  thioesterase superfamily protein  76.36 
 
 		 144 aa  171  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3308  hypothetical protein  59.46 
 
 		 147 aa  145  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4725  phenylacetic acid degradation-related protein  63.16 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.707083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3488  thioesterase superfamily protein  60 
 
 		 144 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000337364  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3413  thioesterase superfamily protein  60 
 
 		 144 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.001772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1483  hypothetical protein  64.22 
 
 		 165 aa  144  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0876  thioesterase superfamily protein  59.09 
 
 		 144 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376008  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3611  thioesterase superfamily protein  59.09 
 
 		 144 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000157158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1587  hypothetical protein  64.49 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1503  thioesterase superfamily protein  63.3 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1107  phenylacetic acid degradation-related protein  64.49 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2491  hypothetical protein  63.3 
 
 		 145 aa  142  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.554624  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1564  thioesterase superfamily protein  64.49 
 
 		 145 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1650  thioesterase superfamily protein  60.55 
 
 		 145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2002  thioesterase family protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0796  thioesterase family protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1848  thioesterase family protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0365  hypothetical protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1708  hypothetical protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.361715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1223  hypothetical protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.928128  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1835  thioesterase family protein  63.37 
 
 		 145 aa  130  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1510  hypothetical protein  51.82 
 
 		 145 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1868  hypothetical protein  50.91 
 
 		 142 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0606693  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0688  hypothetical protein  50.96 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68886  hitchhiker  0.00534033 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0315  phenylacetic acid degradation-related protein  46.88 
 
 		 187 aa  92  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1240  phenylacetic acid degradation-related protein  46.39 
 
 		 139 aa  91.7  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1900  thioesterase superfamily protein  48.48 
 
 		 204 aa  91.3  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0146088 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5993  thioesterase superfamily protein  46.88 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.202542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5549  hypothetical protein  45.63 
 
 		 179 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63860  hypothetical protein  43.69 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2924  hypothetical protein  44.66 
 
 		 189 aa  86.7  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3697  thioesterase superfamily protein  42.42 
 
 		 182 aa  85.9  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1102  thioesterase superfamily protein  43 
 
 		 189 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.218192  normal  0.0165353 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2979  hypothetical protein  43.43 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.106033 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3546  phenylacetic acid degradation-related protein  40.4 
 
 		 185 aa  81.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.572373  normal  0.256771 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1696  phenylacetic acid degradation-related protein  42.42 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5342  hypothetical protein  39.45 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.331699  normal  0.285633 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5253  phenylacetic acid degradation-related protein  39.45 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0606  thioesterase superfamily protein  43.16 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0448554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8061  thioesterase superfamily protein  42.57 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.157988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1560  thioesterase superfamily protein  44.21 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0959  phenylacetic acid degradation-related protein  42 
 
 		 169 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46096  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0725  thioesterase superfamily protein  47.44 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4820  thioesterase superfamily protein  39.77 
 
 		 174 aa  72.4  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1285  phenylacetic acid degradation-related protein  38.14 
 
 		 169 aa  72  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2083  hypothetical protein  37.89 
 
 		 155 aa  71.2  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.760397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5999  thioesterase superfamily protein  38.54 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4114  phenylacetic acid degradation-related protein  36.84 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4940  phenylacetic acid degradation-related protein  36.52 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1893  thioesterase superfamily protein  36.9 
 
 		 225 aa  67.8  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.333222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4125  hypothetical protein  37.29 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  0.637069 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0944  thioesterase superfamily protein  36.9 
 
 		 170 aa  63.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0190  thioesterase superfamily protein  39.05 
 
 		 146 aa  63.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0826  phenylacetic acid degradation-related protein  36.9 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1025  phenylacetic acid degradation-related protein  34.74 
 
 		 167 aa  62  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.61355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2088  thioesterase superfamily protein  36.78 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.179421  hitchhiker  0.00000500183 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1701  phenylacetic acid degradation-related protein  29.29 
 
 		 160 aa  58.2  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0708243  normal  0.927888 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2573  thioesterase superfamily protein  34.38 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.686458  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0025  hypothetical protein  27.17 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000180686  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0703  hypothetical protein  30.85 
 
 		 158 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1993  hypothetical protein  30.85 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.762043  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3305  phenylacetic acid degradation-related protein  32.99 
 
 		 209 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10860  hypothetical protein  39.47 
 
 		 161 aa  52  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.405906  unclonable  0.00000000176552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3942  thioesterase superfamily protein  32.99 
 
 		 191 aa  50.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1864  thioesterase superfamily protein  29.35 
 
 		 161 aa  48.9  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.236393 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1137  hypothetical protein  27.88 
 
 		 153 aa  48.5  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1736  hypothetical protein  29.35 
 
 		 135 aa  46.2  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0873993  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1677  hypothetical protein  29.35 
 
 		 135 aa  45.8  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4779  phenylacetic acid degradation-related protein  32.14 
 
 		 140 aa  45.1  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3607  thioesterase superfamily protein  30.3 
 
 		 155 aa  44.7  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0168522  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3939  thioesterase superfamily protein  31.17 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0150452 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2872  hypothetical protein  29.2 
 
 		 137 aa  43.9  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.791142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5089  thioesterase superfamily protein  36 
 
 		 165 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.765529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2147  hypothetical protein  31.4 
 
 		 160 aa  42.4  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.505832  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1130  uncharacterized aromatic compound catabolism protein  31.18 
 
 		 143 aa  42  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1854  thioesterase superfamily protein  37.31 
 
 		 164 aa  42.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.607295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1837  hypothetical protein  31.4 
 
 		 159 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1809  thioesterase superfamily protein  31.4 
 
 		 159 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.489553 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1374  thioesterase superfamily protein  31.4 
 
 		 159 aa  42  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5199  phenylacetic acid degradation-related protein  30.23 
 
 		 159 aa  41.2  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354214 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6180  phenylacetic acid degradation-related protein  30.23 
 
 		 159 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1899  hypothetical protein  30.23 
 
 		 159 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1922  thioesterase superfamily protein  30.23 
 
 		 159 aa  41.2  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.411154 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>