75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3263 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3263  putative signal peptide protein  100 
 
 		 116 aa  226  8e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3461  conserved hypothetical signal peptide protein  75.42 
 
 		 118 aa  155  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3133  putative signal peptide protein  78.41 
 
 		 118 aa  143  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3262  cytochrome c, class I  52.63 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.161977  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3427  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.105775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1476  putative signal peptide protein  43.59 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.907195  normal  0.613134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4567  cytochrome c class I  41.03 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798656  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2995  cytochrome c, class I  28.57 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1665  cytochrome c, class I  35.64 
 
 		 104 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0134409  normal  0.341373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0626  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4438  cytochrome c553-like  37.33 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2005  sulfide dehydrogenase, cytochrome subunit  37.62 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0152993  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3771  putative cytochrome c  32.5 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0729  hypothetical protein  35.53 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3136  cytochrome c, class I  32.5 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.753585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1516  cytochrome c553-like protein  35.64 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.513352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0237  cytochrome c, class I  33.02 
 
 		 104 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.424011  normal  0.118914 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0010  cytochrome c class I  38.16 
 
 		 126 aa  52.4  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000266179  hitchhiker  0.00574029 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0011  cytochrome c class I  35.62 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.159983  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1738  cytochrome c, class I  36 
 
 		 103 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0009  cytochrome c class I  32.46 
 
 		 124 aa  50.4  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.136601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  35.06 
 
 		 215 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1673  cytochrome c, class I  29.73 
 
 		 212 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0288  cytochrome c class I  33.8 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403292 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2428  putative cytochrome c  35.44 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1844  cytochrome c class I  32.05 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000314475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0685  cytochrome c class I  35.14 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18451  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4839  cytochrome c, class I  35.53 
 
 		 212 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.173442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3028  class I cytochrome c  32.71 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135761  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2034  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  34.72 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.738809 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1469  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 226 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0501042 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1946  cytochrome c, class I  36.62 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0592942  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3047  cytochrome c class I  32.65 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.545307  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3377  cytochrome c class I  33.77 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2578  hypothetical protein  29.67 
 
 		 130 aa  45.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.365734 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0669  hypothetical protein  32.05 
 
 		 157 aa  45.4  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0140591  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0934  cytochrome c class I  32.08 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  31.94 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0772  cytochrome c, class I  32.91 
 
 		 223 aa  44.7  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  31.94 
 
 		 222 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3139  di-heme cytochrome c, class IC  33.78 
 
 		 200 aa  44.7  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  33.78 
 
 		 191 aa  44.3  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0010  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0031  sulfide dehydrogenase (flavocytochrome), cytochrome c subunit  30.97 
 
 		 126 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214026  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  29.89 
 
 		 201 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3048  cytochrome c553  40 
 
 		 99 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.58659  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  33.03 
 
 		 195 aa  43.5  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6830  cytochrome c, class I  36.62 
 
 		 292 aa  43.5  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0812003  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  30.56 
 
 		 216 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4355  cytochrome c, class I  35.62 
 
 		 223 aa  42.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  29.81 
 
 		 202 aa  43.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3330  cytochrome c553-like protein  32.22 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7221  cytochrome c class I  33.78 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  30.14 
 
 		 221 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  29.33 
 
 		 243 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5824  cytochrome c, class I  35.62 
 
 		 223 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  30.91 
 
 		 198 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5036  cytochrome c, class I  35.62 
 
 		 223 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4365  cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  29.58 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  28.77 
 
 		 205 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  30.14 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  34.48 
 
 		 153 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4249  putative cytochrome subunit of sulfide dehydrogenase  27.63 
 
 		 148 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.22639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  30.14 
 
 		 205 aa  41.6  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  30.14 
 
 		 205 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  33.8 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0769  putative cytochrome c  28.95 
 
 		 199 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4954  Cytochrome c553-like protein  25.97 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1330  cytochrome c553-like protein  31.43 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.219398  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  33.33 
 
 		 237 aa  40.4  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  34.85 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  31.58 
 
 		 216 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  31.3 
 
 		 267 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  25.26 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  25.32 
 
 		 210 aa  40  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>