196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1999 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1999  lyase protein  100 
 
 		 320 aa  648    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.697821  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1830  HpcH/HpaI aldolase  89.97 
 
 		 326 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.650441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2154  HpcH/HpaI aldolase  91.85 
 
 		 326 aa  580  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.377613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2490  HpcH/HpaI aldolase  74.61 
 
 		 326 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2328  putative citrate lyase beta subunit  74.61 
 
 		 326 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6859  HpcH/HpaI aldolase  60.06 
 
 		 338 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4357  HpcH/HpaI aldolase  60.06 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2899  lyase  60.06 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4429  Citrate lyase subunit beta-like protein  59.25 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00516467  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2868  malyl-CoA lyase or citrate lyase, beta subunit  59.55 
 
 		 327 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4148  putative citrate lyase  57.99 
 
 		 331 aa  374  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2553  HpcH/HpaI aldolase  58.31 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.108107  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3597  HpcH/HpaI aldolase  60.06 
 
 		 335 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4436  HpcH/HpaI aldolase  60.06 
 
 		 378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3931  HpcH/HpaI aldolase  60.06 
 
 		 378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4731  HpcH/HpaI aldolase  56.54 
 
 		 334 aa  352  4e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.834162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0657  lyase, putative  57.81 
 
 		 339 aa  349  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2155  citrate lyase beta subunit-like  60.38 
 
 		 335 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3824  HpcH/HpaI aldolase  61.01 
 
 		 334 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508893 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3308  HpcH/HpaI aldolase  60.69 
 
 		 334 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.747689 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1618  putative lyase  58.18 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1826  putative lyase  58.18 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2475  putative lyase  58.18 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2337  putative lyase  58.18 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0496  putative lyase  58.18 
 
 		 339 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1752  putative lyase  58.18 
 
 		 331 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4652  HpcH/HpaI aldolase  60.38 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2431  HpcH/HpaI aldolase  54.31 
 
 		 339 aa  315  8e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2208  HpcH/HpaI aldolase  54.49 
 
 		 341 aa  315  9e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0797  putative lyase  57.97 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2173  putative lyase  53.05 
 
 		 337 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.24016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2709  putative lyase  52.16 
 
 		 350 aa  304  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.15345 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1804  putative citrate lyase beta subunit  50.93 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0637103  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2279  HpcH/HpaI aldolase  52.72 
 
 		 336 aa  295  5e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2789  HpcH/HpaI aldolase  52.72 
 
 		 336 aa  295  5e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.175467  normal  0.257367 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3597  HpcH/HpaI aldolase  50 
 
 		 356 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.210354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3029  HpcH/HpaI aldolase  49.06 
 
 		 329 aa  282  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.37236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1434  HpcH/HpaI aldolase  48.92 
 
 		 332 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0799  citrate (pro-3S)-lyase  28.98 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.105286  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1580  Citryl-CoA lyase  29.25 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.264708  hitchhiker  0.00335996 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3050  citrate lyase subunit beta  29.54 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3165  Citryl-CoA lyase  31.6 
 
 		 320 aa  86.3  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2481  citrate (pro-3S)-lyase  29.75 
 
 		 379 aa  85.9  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.565353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1771  beta subunit of citrate lyase  30.74 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.508507  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0417  Citryl-CoA lyase  30.74 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  31.44 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  30.43 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  29.9 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  29.9 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  30.64 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  29.55 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  30.3 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  29.47 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  29.62 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1078  citrate lyase  30.1 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.132128  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  30.43 
 
 		 320 aa  72.4  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0830  citrate lyase  26.37 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0807208  normal  0.0919126 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  28.62 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0471  citrate lyase  27.86 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.750948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4213  HpcH/HpaI aldolase  25.26 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0731  HpcH/HpaI aldolase  27.44 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  28.04 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6315  HpcH/HpaI aldolase  27.43 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185554  hitchhiker  0.008113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3098  HpcH/HpaI aldolase  26.72 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136599  normal  0.227792 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  31.01 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  28.47 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2805  HpcH/HpaI aldolase  25.61 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4393  HpcH/HpaI aldolase  26.21 
 
 		 363 aa  65.9  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3189  citrate (pro-3S)-lyase  28.26 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128752  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  27.43 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  32.32 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  26.83 
 
 		 331 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  31.94 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  34.39 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  29.32 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  26.64 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  29.75 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  35.26 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3870  HpcH/HpaI aldolase  25.51 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  25.44 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  29.54 
 
 		 312 aa  62.4  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7178  HpcH/HpaI aldolase  25.74 
 
 		 350 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  29.41 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4300  Citrate (pro-3S)-lyase  29.93 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.097194  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  26.42 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4636  Citrate (pro-3S)-lyase  30.29 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  28.57 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  28.36 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  27.47 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  29.37 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1650  HpcH/HpaI aldolase  24.43 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.806088  normal  0.193855 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  23.62 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  31.37 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  29.37 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  29.25 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  28.57 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  30.46 
 
 		 270 aa  57  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  25.75 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  27.54 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  27.11 
 
 		 292 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>