More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0432 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  100 
 
 		 580 aa  1137    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  70.59 
 
 		 565 aa  775    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  71.53 
 
 		 565 aa  781    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  71.38 
 
 		 584 aa  776    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  70.21 
 
 		 609 aa  761    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  70.61 
 
 		 590 aa  783    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  69.62 
 
 		 609 aa  770    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  70.61 
 
 		 590 aa  783    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  57.12 
 
 		 570 aa  587  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  55.38 
 
 		 453 aa  464  1e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  46.8 
 
 		 593 aa  448  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  56.21 
 
 		 443 aa  438  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  52.99 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  44.85 
 
 		 569 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  45.03 
 
 		 448 aa  361  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  46.03 
 
 		 501 aa  321  3e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  44.06 
 
 		 450 aa  317  3e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  46.86 
 
 		 466 aa  316  6e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  46.05 
 
 		 446 aa  315  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  43.84 
 
 		 435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 557 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 557 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 451 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 568 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  31.22 
 
 		 562 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  31.6 
 
 		 615 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 561 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 557 aa  124  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  25.14 
 
 		 565 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  30.51 
 
 		 591 aa  118  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  28.84 
 
 		 551 aa  114  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  29.83 
 
 		 459 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  29.01 
 
 		 563 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 563 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  24.22 
 
 		 448 aa  108  4e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 563 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  27.89 
 
 		 457 aa  103  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  28.48 
 
 		 466 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 559 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  29.34 
 
 		 459 aa  98.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  26.17 
 
 		 457 aa  98.2  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  27.64 
 
 		 455 aa  95.9  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 		 453 aa  95.9  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  27.88 
 
 		 524 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  26.75 
 
 		 454 aa  94.7  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 		 563 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  27.44 
 
 		 453 aa  92  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4174  hypothetical protein  52.69 
 
 		 99 aa  91.3  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  26.23 
 
 		 454 aa  90.1  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  28.64 
 
 		 454 aa  88.6  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3298  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, FabA/FabZ  47.12 
 
 		 109 aa  87.4  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  28.75 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  28.75 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  27.48 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  27.23 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  27.22 
 
 		 515 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  27.83 
 
 		 454 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  27.23 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  25.28 
 
 		 518 aa  82.4  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.75 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  29.97 
 
 		 454 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  24.94 
 
 		 518 aa  80.9  0.00000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2747  hypothetical protein  52.44 
 
 		 105 aa  80.5  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.168123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  25.48 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  26.81 
 
 		 427 aa  79.3  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3988  hypothetical protein  53.01 
 
 		 100 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3397  putative acyl-CoA synthetase  20.24 
 
 		 487 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000328884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4256  AMP-dependent synthetase and ligase  26.14 
 
 		 479 aa  73.9  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.1551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  31.13 
 
 		 394 aa  69.3  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3742  amino acid adenylation domain protein  28.57 
 
 		 1358 aa  67.8  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.798811  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2344  acyl-CoA synthetase  28.33 
 
 		 531 aa  67  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.657578  decreased coverage  0.0026015 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  25.73 
 
 		 551 aa  66.6  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  22.4 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.7 
 
 		 482 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  25.79 
 
 		 798 aa  66.2  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 		 530 aa  65.1  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  29.33 
 
 		 1070 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  26.92 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  26.43 
 
 		 498 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.43 
 
 		 564 aa  64.7  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4801  hypothetical protein  28.1 
 
 		 2167 aa  64.3  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  21.06 
 
 		 474 aa  63.2  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0035  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 		 571 aa  62.4  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.284742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.08 
 
 		 482 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.08 
 
 		 482 aa  62  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  24.51 
 
 		 471 aa  62  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.45 
 
 		 482 aa  62  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.82 
 
 		 482 aa  61.2  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.82 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2688  putative acid-thiol ligase  28.27 
 
 		 567 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.135272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4816  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 		 562 aa  60.8  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.12 
 
 		 486 aa  60.8  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2400  AMP-dependent synthetase and ligase  24.36 
 
 		 534 aa  60.1  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0669706  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  24.38 
 
 		 525 aa  60.1  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  22.95 
 
 		 493 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.46 
 
 		 513 aa  60.1  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.2 
 
 		 481 aa  60.1  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  22.62 
 
 		 493 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3524  acyl-CoA synthetase  27.59 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.12114  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.08 
 
 		 482 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>