More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3410 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3055  hypothetical protein  99.37 
 
 		 317 aa  637    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.150263  normal  0.0186232 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3410  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  100 
 
 		 317 aa  640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.523204  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03721  conserved hypothetical protein  36.66 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03670  hypothetical protein  36.66 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4211  periplasmic binding protein  36.66 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1719  hypothetical protein  37.37 
 
 		 326 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0711752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  33.96 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3869  hypothetical protein  38.62 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0415956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0298  hypothetical protein  36.55 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  35.13 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3545  hypothetical protein  33 
 
 		 350 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0498  hypothetical protein  30.95 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3931  hypothetical protein  31.29 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5327  hypothetical protein  36.73 
 
 		 322 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0097  hypothetical protein  35.74 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  33.55 
 
 		 329 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0114  hypothetical protein  35.36 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3516  hypothetical protein  32.3 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000184229  normal  0.0629404 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0309  twin-arginine translocation pathway signal  40.65 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2776  hypothetical protein  35.47 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4557  hypothetical protein  37.83 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5551  extra-cytoplasmatic solute receptor  35.66 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1913  hypothetical protein  39.03 
 
 		 333 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0165718  hitchhiker  0.00808178 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  34.8 
 
 		 337 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3894  hypothetical protein  36.59 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0107663  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3442  hypothetical protein  34.85 
 
 		 324 aa  158  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0502272 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5221  Bug family extra-cytoplasmic solute receptor  34.69 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  33.66 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2123  hypothetical protein  34.69 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.176092 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6283  hypothetical protein  32.87 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120039  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3513  hypothetical protein  34.8 
 
 		 333 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3530  hypothetical protein  36.75 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175021  hitchhiker  0.00737093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1604  hypothetical protein  37.08 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0256  hypothetical protein  39.64 
 
 		 327 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  33.01 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  35.17 
 
 		 339 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  34.4 
 
 		 325 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6257  hypothetical protein  36.91 
 
 		 332 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.460323  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4142  hypothetical protein  34.39 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.627286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  34.62 
 
 		 325 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  32.92 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0210  hypothetical protein  34.1 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4314  hypothetical protein  33.76 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.210006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1370  hypothetical protein  33.98 
 
 		 338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  37.67 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  32.86 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4356  hypothetical protein  35.31 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4614  hypothetical protein  36.27 
 
 		 322 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.25356  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4232  extra-cytoplasmic solute receptor  36.33 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.125597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1334  hypothetical protein  31.82 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000781341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5060  hypothetical protein  32.81 
 
 		 331 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1047  hypothetical protein  35.96 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0384871  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2596  hypothetical protein  33.33 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523201  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0183  hypothetical protein  32.31 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0023  hypothetical protein  31.56 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.908143  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4438  extra-cytoplasmic solute receptor  33.87 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000369974  normal  0.285012 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0710  hypothetical protein  33.56 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2514  hypothetical protein  33.12 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2106  hypothetical protein  35.47 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150501  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1436  hypothetical protein  31.76 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779932  normal  0.517463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4644  hypothetical protein  33.96 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.206487  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2980  hypothetical protein  36.58 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  35.1 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  35.62 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4146  extra-cytoplasmic solute receptor  36.72 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00162583  normal  0.322023 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1712  hypothetical protein  33.45 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.407863  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0005  hypothetical protein  31.25 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.736537 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1755  hypothetical protein  32.67 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.191519  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1323  hypothetical protein  33.12 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.520366  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3084  hypothetical protein  35.36 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.482393  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1404  hypothetical protein  32.72 
 
 		 328 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5370  extra-cytoplasmic solute receptor  34.88 
 
 		 322 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.114035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2429  hypothetical protein  31.78 
 
 		 326 aa  149  8e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  35.71 
 
 		 325 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2777  hypothetical protein  35.14 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.89737  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1992  hypothetical protein  35.82 
 
 		 317 aa  149  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0012  hypothetical protein  35.85 
 
 		 323 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  32.59 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4137  hypothetical protein  33.22 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.864349 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1829  hypothetical protein  35.29 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3798  hypothetical protein  35.14 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.366926  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  36.46 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2501  hypothetical protein  35.21 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3510  hypothetical protein  37.16 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1792  hypothetical protein  35.82 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3568  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5887  hypothetical protein  34.6 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.947907  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0709  hypothetical protein  34.04 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.802476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  34.43 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5896  hypothetical protein  33.92 
 
 		 332 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971815  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  33.77 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3496  hypothetical protein  31.44 
 
 		 327 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.192421 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0454  hypothetical protein  35.79 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.746083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0463  hypothetical protein  35.79 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.474593  normal  0.230992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  33.1 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  34.21 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0130  hypothetical protein  35.45 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.090251 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3530  hypothetical protein  33.33 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  35.42 
 
 		 353 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  34.33 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2249  hypothetical protein  31.65 
 
 		 325 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.570594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>